Hispana. Acceso en línea al Patrimonio Cultural Digital Español

Está en:  › Datos de registro

A genome editing based approach to study tumor cell heterogeneity

Identificadores del recurso

http://hdl.handle.net/10803/667524

Procedencia

(Tesis de la Universitat de Barcelona)

Ficha

Título:: A genome editing based approach to study tumor cell heterogeneity
Tema:: Càncer colorectal; Cáncer colorrectal; Colorectal cancer; Genòmica; Genómica; Genomics; Cèl·lules mare; Células madre; Stem cells; Ciències Experimentals i Matemàtiques; 577
Descripción:: Tesi realitzada a l'Institut de Recerca Biomèdica de Barcelona (IRBB); Colorectal tumors are not homogeneous entities but rather composed of a mixture of cells with different phenotypes, reminiscent of healthy intestinal epithelium cell types. Intestinal epithelium is one of the organs with highest self-renewal rate, maintained by a pool of highly proliferating stem cells located at the base of the crypts. Daughters of the stem cells abandon the crypts and differentiate as they move up the villi, in a process that takes no longer than six days. Recent findings suggest that colorectal cancers (CRCs), like normal intestine, rely on a stem cell hierarchy for its growth. Cancer stem cells, identified by LGR5 gene expression, are at the apex of this hierarchy, and are thought to be the drivers of CRC expansion and metastasis. This thesis is focused on characterizing the growth dynamics of the different tumor compartments and identifying the cells that fuel tumor growth. Moreover, we have also tried to elucidate which is the cell of origin of metastasis. To complete this project we have first developed new models to study human disease, as most of the previous work relied on genetically modified mouse models to reproduce the disease. Here, we have combined patient-derived organoid 3D cultures and CRISPR/Cas9 genome editing techniques to insert fluorescent reporter proteins under the control of our genes of interest. This has allowed us to visualize different tumor cell types in vivo using LGR5, KRT20 and EMP1 as markers for stemness, differentiation and invasion respectively. In addition, we have also set up a system to follow the progeny of the abovementioned populations in vivo in intact tumors. We have identified the different tumor compartments by subcutaneously injecting modified human organoids into immunosuppressed mice. Flow cytometry purification and reinjection into secondary hosts of stem-like and differentiated-like cells has enabled us to discover that cancer cells retaining stem cell characteristics are more proficient in tumor initiation than the rest of the tumor. Nevertheless, lineage tracing of the abovementioned genes in an intact tumor cell environment shows how both stem and differentiated progenies are able to give rise to long lasting clones and thus equally fuel tumor growth. Furthermore, we have observed plasticity arising from both cell types, indicative that the cellular hierarchy is disrupted during tumor progression. In addition, we have defined EMP1 as a putative gene marker for invasive cells. EMP1-High cells are a differentiated subset of tumor cells that harbor migratory properties and secrete myeloid recruiting chemokines to the tumor site. Myeloid cells have been shown to contribute to all steps of metastasis in several cancer types. We hypothesize that this EMP1+ subpopulation is the one that disseminates from the primary tumor and initiates metastasis. For metastatic studies, we have resorted to mouse derived tumor organoids that allow the growth of primary and metastatic disease in fully immunocompetent ice, and we have set up new models to study disease relapse in metastatic sites upon primary tumor removal Taken together, our data provides new insights on the mode of tumor growth in advanced human colorectal carcinomas and suggests that stem cell traits are not required for tumor growth neither metastatic spread, contrary to what was initially though based on mouse adenoma studies.; Els tumors colorectals no són una entitat homogènia sinó que estan formats per una barreja de cèl·lules de fenotips variats, reminiscents dels tipus cel·lulars de l’epiteli intestinal sa. Estudis recents suggereixen que el creixement del càncer colorectal (CCR), igual que el de l’intestí normal, està mediat per una jerarquia amb origen en cèl·lules mare. Les cèl·lules mare del càncer, identificades per l’expressió del gen LGR5, es troben a l’àpex de la jerarquia i impulsen l’expansió del CCR i la metàstasis. Aquesta tesi se centra en caracteritzar la dinàmica d’expansió dels diferents compartiments tumorals i en identificar les cèl·lules que en mantenen el creixement. També hem intentat elucidar quina és la cèl·lula d’origen de la metàstasi. Per a realitzar aquest projecte primer hem desenvolupat nous models per estudiar la malaltia humana, combinant el cultiu d’organoids derivats de pacients i l’edició genòmica mitjançant CRISPR/Cas9. Això ens ha permès visualitzar diferents tipus cel·lulars tumorals in vivo usant LGR5, KRT20 i EMP1 com a marcadors de cèl·lula mare, cèl·lula diferenciada i cèl·lula invasiva, respectivament. Addicionalment, també hem establert un sistema per seguir la progènie de les poblacions mencionades. Hem descobert que tant el compartiment de cèl·lules mare com el diferenciat són capaços de donar lloc a una progènie que persisteix en el temps, suggerint que ambdós tipus cel·lulars contribueixen al creixement tumoral. A més a més, hem observat plasticitat entre els dos compartiments, cosa que indica que la jerarquia cel·lular es perd durant el desenvolupament del tumor. Finalment, mitjançant l’ús d’EMP1 com a marcador de cèl·lules invasives hem identificat un subgrup de cèl·lules diferenciades amb propietats migratòries i amb potencial per reclutar cèl·lules mieloides. La nostra hipòtesi és que la població EMP1+ és la que dissemina del tumor primari i inicia la metàstasi. En resum , les nostres dades suposen una nova visió en l’estudi del mode de creixement del càncer de colon d’estadis avançats en humà, i suggereixen que els trets de cèl·lula mare no són necessaris per creixement tumoral ni la disseminació metastàtica, contràriament al que es pensava inicialment, degut als estudis realitzats en adenoma de ratolí.
Fuente:: TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
Idioma:: English
Autor/Productor:: Turón Rodrigo, Gemma
Editor:: Universitat de Barcelona
Otros colaboradores/productores:: Batlle, Eduard; Cortina, Carme; Corominas, Montserrat (Corominas Guiu); Universitat de Barcelona. Facultat de Biologia
Derechos:: ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.; info:eu-repo/semantics/openAccess
Fecha:: 2019-09-25T10:26:20Z; 2020-04-24T02:00:10Z; 2019-04-25
Tipo de recurso:: info:eu-repo/semantics/doctoralThesis; info:eu-repo/semantics/publishedVersion
Formato:: 231 p.; application/pdf

oai_dc

Descargar XML

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>

<oai_dc:dc schemaLocation="http://www.openarchives.org/OAI/2.0/oai_dc/ http://www.openarchives.org/OAI/2.0/oai_dc.xsd">
1. <dc:title>A genome editing based approach to study tumor cell heterogeneity</dc:title>
2. <dc:creator>Turón Rodrigo, Gemma</dc:creator>
3. <dc:contributor>Batlle, Eduard</dc:contributor>
4. <dc:contributor>Cortina, Carme</dc:contributor>
5. <dc:contributor>Corominas, Montserrat (Corominas Guiu)</dc:contributor>
6. <dc:contributor>Universitat de Barcelona. Facultat de Biologia</dc:contributor>
7. <dc:subject>Càncer colorectal</dc:subject>
8. <dc:subject>Cáncer colorrectal</dc:subject>
9. <dc:subject>Colorectal cancer</dc:subject>
10. <dc:subject>Genòmica</dc:subject>
11. <dc:subject>Genómica</dc:subject>
12. <dc:subject>Genomics</dc:subject>
13. <dc:subject>Cèl·lules mare</dc:subject>
14. <dc:subject>Células madre</dc:subject>
15. <dc:subject>Stem cells</dc:subject>
16. <dc:subject>Ciències Experimentals i Matemàtiques</dc:subject>
17. <dc:subject>577</dc:subject>
18. <dc:description>Tesi realitzada a l'Institut de Recerca Biomèdica de Barcelona (IRBB)</dc:description>
19. <dc:description>Colorectal tumors are not homogeneous entities but rather composed of a mixture of cells with different phenotypes, reminiscent of healthy intestinal epithelium cell types. Intestinal epithelium is one of the organs with highest self-renewal rate, maintained by a pool of highly proliferating stem cells located at the base of the crypts. Daughters of the stem cells abandon the crypts and differentiate as they move up the villi, in a process that takes no longer than six days. Recent findings suggest that colorectal cancers (CRCs), like normal intestine, rely on a stem cell hierarchy for its growth. Cancer stem cells, identified by LGR5 gene expression, are at the apex of this hierarchy, and are thought to be the drivers of CRC expansion and metastasis. This thesis is focused on characterizing the growth dynamics of the different tumor compartments and identifying the cells that fuel tumor growth. Moreover, we have also tried to elucidate which is the cell of origin of metastasis. To complete this project we have first developed new models to study human disease, as most of the previous work relied on genetically modified mouse models to reproduce the disease. Here, we have combined patient-derived organoid 3D cultures and CRISPR/Cas9 genome editing techniques to insert fluorescent reporter proteins under the control of our genes of interest. This has allowed us to visualize different tumor cell types in vivo using LGR5, KRT20 and EMP1 as markers for stemness, differentiation and invasion respectively. In addition, we have also set up a system to follow the progeny of the abovementioned populations in vivo in intact tumors. We have identified the different tumor compartments by subcutaneously injecting modified human organoids into immunosuppressed mice. Flow cytometry purification and reinjection into secondary hosts of stem-like and differentiated-like cells has enabled us to discover that cancer cells retaining stem cell characteristics are more proficient in tumor initiation than the rest of the tumor. Nevertheless, lineage tracing of the abovementioned genes in an intact tumor cell environment shows how both stem and differentiated progenies are able to give rise to long lasting clones and thus equally fuel tumor growth. Furthermore, we have observed plasticity arising from both cell types, indicative that the cellular hierarchy is disrupted during tumor progression. In addition, we have defined EMP1 as a putative gene marker for invasive cells. EMP1-High cells are a differentiated subset of tumor cells that harbor migratory properties and secrete myeloid recruiting chemokines to the tumor site. Myeloid cells have been shown to contribute to all steps of metastasis in several cancer types. We hypothesize that this EMP1+ subpopulation is the one that disseminates from the primary tumor and initiates metastasis. For metastatic studies, we have resorted to mouse derived tumor organoids that allow the growth of primary and metastatic disease in fully immunocompetent ice, and we have set up new models to study disease relapse in metastatic sites upon primary tumor removal Taken together, our data provides new insights on the mode of tumor growth in advanced human colorectal carcinomas and suggests that stem cell traits are not required for tumor growth neither metastatic spread, contrary to what was initially though based on mouse adenoma studies.</dc:description>
20. <dc:description>Els tumors colorectals no són una entitat homogènia sinó que estan formats per una barreja de cèl·lules de fenotips variats, reminiscents dels tipus cel·lulars de l’epiteli intestinal sa. Estudis recents suggereixen que el creixement del càncer colorectal (CCR), igual que el de l’intestí normal, està mediat per una jerarquia amb origen en cèl·lules mare. Les cèl·lules mare del càncer, identificades per l’expressió del gen LGR5, es troben a l’àpex de la jerarquia i impulsen l’expansió del CCR i la metàstasis. Aquesta tesi se centra en caracteritzar la dinàmica d’expansió dels diferents compartiments tumorals i en identificar les cèl·lules que en mantenen el creixement. També hem intentat elucidar quina és la cèl·lula d’origen de la metàstasi. Per a realitzar aquest projecte primer hem desenvolupat nous models per estudiar la malaltia humana, combinant el cultiu d’organoids derivats de pacients i l’edició genòmica mitjançant CRISPR/Cas9. Això ens ha permès visualitzar diferents tipus cel·lulars tumorals in vivo usant LGR5, KRT20 i EMP1 com a marcadors de cèl·lula mare, cèl·lula diferenciada i cèl·lula invasiva, respectivament. Addicionalment, també hem establert un sistema per seguir la progènie de les poblacions mencionades. Hem descobert que tant el compartiment de cèl·lules mare com el diferenciat són capaços de donar lloc a una progènie que persisteix en el temps, suggerint que ambdós tipus cel·lulars contribueixen al creixement tumoral. A més a més, hem observat plasticitat entre els dos compartiments, cosa que indica que la jerarquia cel·lular es perd durant el desenvolupament del tumor. Finalment, mitjançant l’ús d’EMP1 com a marcador de cèl·lules invasives hem identificat un subgrup de cèl·lules diferenciades amb propietats migratòries i amb potencial per reclutar cèl·lules mieloides. La nostra hipòtesi és que la població EMP1+ és la que dissemina del tumor primari i inicia la metàstasi. En resum , les nostres dades suposen una nova visió en l’estudi del mode de creixement del càncer de colon d’estadis avançats en humà, i suggereixen que els trets de cèl·lula mare no són necessaris per creixement tumoral ni la disseminació metastàtica, contràriament al que es pensava inicialment, degut als estudis realitzats en adenoma de ratolí.</dc:description>
21. <dc:date>2019-09-25T10:26:20Z</dc:date>
22. <dc:date>2020-04-24T02:00:10Z</dc:date>
23. <dc:date>2019-04-25</dc:date>
24. <dc:type>info:eu-repo/semantics/doctoralThesis</dc:type>
25. <dc:type>info:eu-repo/semantics/publishedVersion</dc:type>
26. <dc:identifier>http://hdl.handle.net/10803/667524</dc:identifier>
27. <dc:language>eng</dc:language>
28. <dc:rights>ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.</dc:rights>
29. <dc:rights>info:eu-repo/semantics/openAccess</dc:rights>
30. <dc:format>231 p.</dc:format>
31. <dc:format>application/pdf</dc:format>
32. <dc:format>application/pdf</dc:format>
33. <dc:publisher>Universitat de Barcelona</dc:publisher>
34. <dc:source>TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)</dc:source>
</oai_dc:dc>

dim

Descargar XML

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>

<dim:dim schemaLocation="http://www.dspace.org/xmlns/dspace/dim http://www.dspace.org/schema/dim.xsd">
1. <dim:field element="contributor" mdschema="dc">Universitat de Barcelona. Facultat de Biologia</dim:field>
2. <dim:field element="contributor" mdschema="dc" qualifier="author">Turón Rodrigo, Gemma</dim:field>
3. <dim:field element="contributor" lang="en_US" mdschema="dc" qualifier="authoremailshow">false</dim:field>
4. <dim:field element="contributor" mdschema="dc" qualifier="director">Batlle, Eduard</dim:field>
5. <dim:field element="contributor" mdschema="dc" qualifier="director">Cortina, Carme</dim:field>
6. <dim:field element="contributor" mdschema="dc" qualifier="tutor">Corominas, Montserrat (Corominas Guiu)</dim:field>
7. <dim:field element="date" mdschema="dc" qualifier="accessioned">2019-09-25T10:26:20Z</dim:field>
8. <dim:field element="date" mdschema="dc" qualifier="available">2020-04-24T02:00:10Z</dim:field>
9. <dim:field element="date" mdschema="dc" qualifier="issued">2019-04-25</dim:field>
10. <dim:field element="identifier" mdschema="dc" qualifier="uri">http://hdl.handle.net/10803/667524</dim:field>
11. <dim:field element="description" lang="en_US" mdschema="dc">Tesi realitzada a l'Institut de Recerca Biomèdica de Barcelona (IRBB)</dim:field>
12. <dim:field element="description" lang="en_US" mdschema="dc" qualifier="abstract">Colorectal tumors are not homogeneous entities but rather composed of a mixture of cells with different phenotypes, reminiscent of healthy intestinal epithelium cell types. Intestinal epithelium is one of the organs with highest self-renewal rate, maintained by a pool of highly proliferating stem cells located at the base of the crypts. Daughters of the stem cells abandon the crypts and differentiate as they move up the villi, in a process that takes no longer than six days. Recent findings suggest that colorectal cancers (CRCs), like normal intestine, rely on a stem cell hierarchy for its growth. Cancer stem cells, identified by LGR5 gene expression, are at the apex of this hierarchy, and are thought to be the drivers of CRC expansion and metastasis. This thesis is focused on characterizing the growth dynamics of the different tumor compartments and identifying the cells that fuel tumor growth. Moreover, we have also tried to elucidate which is the cell of origin of metastasis. To complete this project we have first developed new models to study human disease, as most of the previous work relied on genetically modified mouse models to reproduce the disease. Here, we have combined patient-derived organoid 3D cultures and CRISPR/Cas9 genome editing techniques to insert fluorescent reporter proteins under the control of our genes of interest. This has allowed us to visualize different tumor cell types in vivo using LGR5, KRT20 and EMP1 as markers for stemness, differentiation and invasion respectively. In addition, we have also set up a system to follow the progeny of the abovementioned populations in vivo in intact tumors. We have identified the different tumor compartments by subcutaneously injecting modified human organoids into immunosuppressed mice. Flow cytometry purification and reinjection into secondary hosts of stem-like and differentiated-like cells has enabled us to discover that cancer cells retaining stem cell characteristics are more proficient in tumor initiation than the rest of the tumor. Nevertheless, lineage tracing of the abovementioned genes in an intact tumor cell environment shows how both stem and differentiated progenies are able to give rise to long lasting clones and thus equally fuel tumor growth. Furthermore, we have observed plasticity arising from both cell types, indicative that the cellular hierarchy is disrupted during tumor progression. In addition, we have defined EMP1 as a putative gene marker for invasive cells. EMP1-High cells are a differentiated subset of tumor cells that harbor migratory properties and secrete myeloid recruiting chemokines to the tumor site. Myeloid cells have been shown to contribute to all steps of metastasis in several cancer types. We hypothesize that this EMP1+ subpopulation is the one that disseminates from the primary tumor and initiates metastasis. For metastatic studies, we have resorted to mouse derived tumor organoids that allow the growth of primary and metastatic disease in fully immunocompetent ice, and we have set up new models to study disease relapse in metastatic sites upon primary tumor removal Taken together, our data provides new insights on the mode of tumor growth in advanced human colorectal carcinomas and suggests that stem cell traits are not required for tumor growth neither metastatic spread, contrary to what was initially though based on mouse adenoma studies.</dim:field>
13. <dim:field element="description" lang="en_US" mdschema="dc" qualifier="abstract">Els tumors colorectals no són una entitat homogènia sinó que estan formats per una barreja de cèl·lules de fenotips variats, reminiscents dels tipus cel·lulars de l’epiteli intestinal sa. Estudis recents suggereixen que el creixement del càncer colorectal (CCR), igual que el de l’intestí normal, està mediat per una jerarquia amb origen en cèl·lules mare. Les cèl·lules mare del càncer, identificades per l’expressió del gen LGR5, es troben a l’àpex de la jerarquia i impulsen l’expansió del CCR i la metàstasis. Aquesta tesi se centra en caracteritzar la dinàmica d’expansió dels diferents compartiments tumorals i en identificar les cèl·lules que en mantenen el creixement. També hem intentat elucidar quina és la cèl·lula d’origen de la metàstasi. Per a realitzar aquest projecte primer hem desenvolupat nous models per estudiar la malaltia humana, combinant el cultiu d’organoids derivats de pacients i l’edició genòmica mitjançant CRISPR/Cas9. Això ens ha permès visualitzar diferents tipus cel·lulars tumorals in vivo usant LGR5, KRT20 i EMP1 com a marcadors de cèl·lula mare, cèl·lula diferenciada i cèl·lula invasiva, respectivament. Addicionalment, també hem establert un sistema per seguir la progènie de les poblacions mencionades. Hem descobert que tant el compartiment de cèl·lules mare com el diferenciat són capaços de donar lloc a una progènie que persisteix en el temps, suggerint que ambdós tipus cel·lulars contribueixen al creixement tumoral. A més a més, hem observat plasticitat entre els dos compartiments, cosa que indica que la jerarquia cel·lular es perd durant el desenvolupament del tumor. Finalment, mitjançant l’ús d’EMP1 com a marcador de cèl·lules invasives hem identificat un subgrup de cèl·lules diferenciades amb propietats migratòries i amb potencial per reclutar cèl·lules mieloides. La nostra hipòtesi és que la població EMP1+ és la que dissemina del tumor primari i inicia la metàstasi. En resum , les nostres dades suposen una nova visió en l’estudi del mode de creixement del càncer de colon d’estadis avançats en humà, i suggereixen que els trets de cèl·lula mare no són necessaris per creixement tumoral ni la disseminació metastàtica, contràriament al que es pensava inicialment, degut als estudis realitzats en adenoma de ratolí.</dim:field>
14. <dim:field element="format" lang="en_US" mdschema="dc" qualifier="extent">231 p.</dim:field>
15. <dim:field element="format" mdschema="dc" qualifier="mimetype">application/pdf</dim:field>
16. <dim:field element="language" lang="en_US" mdschema="dc" qualifier="iso">eng</dim:field>
17. <dim:field element="publisher" mdschema="dc">Universitat de Barcelona</dim:field>
18. <dim:field element="rights" mdschema="dc" qualifier="license">ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.</dim:field>
19. <dim:field element="rights" mdschema="dc" qualifier="accessLevel">info:eu-repo/semantics/openAccess</dim:field>
20. <dim:field element="source" mdschema="dc">TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)</dim:field>
21. <dim:field element="subject" lang="en_US" mdschema="dc">Càncer colorectal</dim:field>
22. <dim:field element="subject" lang="en_US" mdschema="dc">Cáncer colorrectal</dim:field>
23. <dim:field element="subject" lang="en_US" mdschema="dc">Colorectal cancer</dim:field>
24. <dim:field element="subject" lang="en_US" mdschema="dc">Genòmica</dim:field>
25. <dim:field element="subject" lang="en_US" mdschema="dc">Genómica</dim:field>
26. <dim:field element="subject" lang="en_US" mdschema="dc">Genomics</dim:field>
27. <dim:field element="subject" lang="en_US" mdschema="dc">Cèl·lules mare</dim:field>
28. <dim:field element="subject" lang="en_US" mdschema="dc">Células madre</dim:field>
29. <dim:field element="subject" lang="en_US" mdschema="dc">Stem cells</dim:field>
30. <dim:field element="subject" lang="en_US" mdschema="dc" qualifier="other">Ciències Experimentals i Matemàtiques</dim:field>
31. <dim:field element="subject" lang="en_US" mdschema="dc" qualifier="udc">577</dim:field>
32. <dim:field element="title" lang="en_US" mdschema="dc">A genome editing based approach to study tumor cell heterogeneity</dim:field>
33. <dim:field element="type" mdschema="dc">info:eu-repo/semantics/doctoralThesis</dim:field>
34. <dim:field element="type" mdschema="dc">info:eu-repo/semantics/publishedVersion</dim:field>
35. <dim:field element="embargo" lang="en_US" mdschema="dc" qualifier="terms">12 mesos</dim:field>
</dim:dim>

etdms

Descargar XML

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>

<thesis schemaLocation="http://www.ndltd.org/standards/metadata/etdms/1.0/ http://www.ndltd.org/standards/metadata/etdms/1.0/etdms.xsd">
1. <title>A genome editing based approach to study tumor cell heterogeneity</title>
2. <creator>Turón Rodrigo, Gemma</creator>
3. <contributor>false</contributor>
4. <contributor>Batlle, Eduard</contributor>
5. <contributor>Cortina, Carme</contributor>
6. <contributor>Corominas, Montserrat (Corominas Guiu)</contributor>
7. <subject>Càncer colorectal</subject>
8. <subject>Cáncer colorrectal</subject>
9. <subject>Colorectal cancer</subject>
10. <subject>Genòmica</subject>
11. <subject>Genómica</subject>
12. <subject>Genomics</subject>
13. <subject>Cèl·lules mare</subject>
14. <subject>Células madre</subject>
15. <subject>Stem cells</subject>
16. <description>Tesi realitzada a l'Institut de Recerca Biomèdica de Barcelona (IRBB)</description>
17. <description>Colorectal tumors are not homogeneous entities but rather composed of a mixture of cells with different phenotypes, reminiscent of healthy intestinal epithelium cell types. Intestinal epithelium is one of the organs with highest self-renewal rate, maintained by a pool of highly proliferating stem cells located at the base of the crypts. Daughters of the stem cells abandon the crypts and differentiate as they move up the villi, in a process that takes no longer than six days. Recent findings suggest that colorectal cancers (CRCs), like normal intestine, rely on a stem cell hierarchy for its growth. Cancer stem cells, identified by LGR5 gene expression, are at the apex of this hierarchy, and are thought to be the drivers of CRC expansion and metastasis. This thesis is focused on characterizing the growth dynamics of the different tumor compartments and identifying the cells that fuel tumor growth. Moreover, we have also tried to elucidate which is the cell of origin of metastasis. To complete this project we have first developed new models to study human disease, as most of the previous work relied on genetically modified mouse models to reproduce the disease. Here, we have combined patient-derived organoid 3D cultures and CRISPR/Cas9 genome editing techniques to insert fluorescent reporter proteins under the control of our genes of interest. This has allowed us to visualize different tumor cell types in vivo using LGR5, KRT20 and EMP1 as markers for stemness, differentiation and invasion respectively. In addition, we have also set up a system to follow the progeny of the abovementioned populations in vivo in intact tumors. We have identified the different tumor compartments by subcutaneously injecting modified human organoids into immunosuppressed mice. Flow cytometry purification and reinjection into secondary hosts of stem-like and differentiated-like cells has enabled us to discover that cancer cells retaining stem cell characteristics are more proficient in tumor initiation than the rest of the tumor. Nevertheless, lineage tracing of the abovementioned genes in an intact tumor cell environment shows how both stem and differentiated progenies are able to give rise to long lasting clones and thus equally fuel tumor growth. Furthermore, we have observed plasticity arising from both cell types, indicative that the cellular hierarchy is disrupted during tumor progression. In addition, we have defined EMP1 as a putative gene marker for invasive cells. EMP1-High cells are a differentiated subset of tumor cells that harbor migratory properties and secrete myeloid recruiting chemokines to the tumor site. Myeloid cells have been shown to contribute to all steps of metastasis in several cancer types. We hypothesize that this EMP1+ subpopulation is the one that disseminates from the primary tumor and initiates metastasis. For metastatic studies, we have resorted to mouse derived tumor organoids that allow the growth of primary and metastatic disease in fully immunocompetent ice, and we have set up new models to study disease relapse in metastatic sites upon primary tumor removal Taken together, our data provides new insights on the mode of tumor growth in advanced human colorectal carcinomas and suggests that stem cell traits are not required for tumor growth neither metastatic spread, contrary to what was initially though based on mouse adenoma studies.</description>
18. <description>Els tumors colorectals no són una entitat homogènia sinó que estan formats per una barreja de cèl·lules de fenotips variats, reminiscents dels tipus cel·lulars de l’epiteli intestinal sa. Estudis recents suggereixen que el creixement del càncer colorectal (CCR), igual que el de l’intestí normal, està mediat per una jerarquia amb origen en cèl·lules mare. Les cèl·lules mare del càncer, identificades per l’expressió del gen LGR5, es troben a l’àpex de la jerarquia i impulsen l’expansió del CCR i la metàstasis. Aquesta tesi se centra en caracteritzar la dinàmica d’expansió dels diferents compartiments tumorals i en identificar les cèl·lules que en mantenen el creixement. També hem intentat elucidar quina és la cèl·lula d’origen de la metàstasi. Per a realitzar aquest projecte primer hem desenvolupat nous models per estudiar la malaltia humana, combinant el cultiu d’organoids derivats de pacients i l’edició genòmica mitjançant CRISPR/Cas9. Això ens ha permès visualitzar diferents tipus cel·lulars tumorals in vivo usant LGR5, KRT20 i EMP1 com a marcadors de cèl·lula mare, cèl·lula diferenciada i cèl·lula invasiva, respectivament. Addicionalment, també hem establert un sistema per seguir la progènie de les poblacions mencionades. Hem descobert que tant el compartiment de cèl·lules mare com el diferenciat són capaços de donar lloc a una progènie que persisteix en el temps, suggerint que ambdós tipus cel·lulars contribueixen al creixement tumoral. A més a més, hem observat plasticitat entre els dos compartiments, cosa que indica que la jerarquia cel·lular es perd durant el desenvolupament del tumor. Finalment, mitjançant l’ús d’EMP1 com a marcador de cèl·lules invasives hem identificat un subgrup de cèl·lules diferenciades amb propietats migratòries i amb potencial per reclutar cèl·lules mieloides. La nostra hipòtesi és que la població EMP1+ és la que dissemina del tumor primari i inicia la metàstasi. En resum , les nostres dades suposen una nova visió en l’estudi del mode de creixement del càncer de colon d’estadis avançats en humà, i suggereixen que els trets de cèl·lula mare no són necessaris per creixement tumoral ni la disseminació metastàtica, contràriament al que es pensava inicialment, degut als estudis realitzats en adenoma de ratolí.</description>
19. <date>2019-09-25</date>
20. <date>2020-04-24</date>
21. <date>2019-04-25</date>
22. <type>info:eu-repo/semantics/doctoralThesis</type>
23. <type>info:eu-repo/semantics/publishedVersion</type>
24. <identifier>http://hdl.handle.net/10803/667524</identifier>
25. <language>eng</language>
26. <rights>ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.</rights>
27. <rights>info:eu-repo/semantics/openAccess</rights>
28. <publisher>Universitat de Barcelona</publisher>
29. <source>TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)</source>
</thesis>

marc

Descargar XML

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>

<record schemaLocation="http://www.loc.gov/MARC21/slim http://www.loc.gov/standards/marcxml/schema/MARC21slim.xsd">
1. <leader>00925njm 22002777a 4500</leader>
2. <datafield ind1=" " ind2=" " tag="042">
  1. <subfield code="a">dc</subfield>
  </datafield>
3. <datafield ind1=" " ind2=" " tag="720">
  1. <subfield code="a">Turón Rodrigo, Gemma</subfield>
  2. <subfield code="e">author</subfield>
  </datafield>
4. <datafield ind1=" " ind2=" " tag="260">
  1. <subfield code="c">2019-04-25</subfield>
  </datafield>
5. <datafield ind1=" " ind2=" " tag="520">
  1. <subfield code="a">Colorectal tumors are not homogeneous entities but rather composed of a mixture of cells with different phenotypes, reminiscent of healthy intestinal epithelium cell types. Intestinal epithelium is one of the organs with highest self-renewal rate, maintained by a pool of highly proliferating stem cells located at the base of the crypts. Daughters of the stem cells abandon the crypts and differentiate as they move up the villi, in a process that takes no longer than six days. Recent findings suggest that colorectal cancers (CRCs), like normal intestine, rely on a stem cell hierarchy for its growth. Cancer stem cells, identified by LGR5 gene expression, are at the apex of this hierarchy, and are thought to be the drivers of CRC expansion and metastasis. This thesis is focused on characterizing the growth dynamics of the different tumor compartments and identifying the cells that fuel tumor growth. Moreover, we have also tried to elucidate which is the cell of origin of metastasis. To complete this project we have first developed new models to study human disease, as most of the previous work relied on genetically modified mouse models to reproduce the disease. Here, we have combined patient-derived organoid 3D cultures and CRISPR/Cas9 genome editing techniques to insert fluorescent reporter proteins under the control of our genes of interest. This has allowed us to visualize different tumor cell types in vivo using LGR5, KRT20 and EMP1 as markers for stemness, differentiation and invasion respectively. In addition, we have also set up a system to follow the progeny of the abovementioned populations in vivo in intact tumors. We have identified the different tumor compartments by subcutaneously injecting modified human organoids into immunosuppressed mice. Flow cytometry purification and reinjection into secondary hosts of stem-like and differentiated-like cells has enabled us to discover that cancer cells retaining stem cell characteristics are more proficient in tumor initiation than the rest of the tumor. Nevertheless, lineage tracing of the abovementioned genes in an intact tumor cell environment shows how both stem and differentiated progenies are able to give rise to long lasting clones and thus equally fuel tumor growth. Furthermore, we have observed plasticity arising from both cell types, indicative that the cellular hierarchy is disrupted during tumor progression. In addition, we have defined EMP1 as a putative gene marker for invasive cells. EMP1-High cells are a differentiated subset of tumor cells that harbor migratory properties and secrete myeloid recruiting chemokines to the tumor site. Myeloid cells have been shown to contribute to all steps of metastasis in several cancer types. We hypothesize that this EMP1+ subpopulation is the one that disseminates from the primary tumor and initiates metastasis. For metastatic studies, we have resorted to mouse derived tumor organoids that allow the growth of primary and metastatic disease in fully immunocompetent ice, and we have set up new models to study disease relapse in metastatic sites upon primary tumor removal Taken together, our data provides new insights on the mode of tumor growth in advanced human colorectal carcinomas and suggests that stem cell traits are not required for tumor growth neither metastatic spread, contrary to what was initially though based on mouse adenoma studies.</subfield>
  </datafield>
6. <datafield ind1=" " ind2=" " tag="520">
  1. <subfield code="a">Els tumors colorectals no són una entitat homogènia sinó que estan formats per una barreja de cèl·lules de fenotips variats, reminiscents dels tipus cel·lulars de l’epiteli intestinal sa. Estudis recents suggereixen que el creixement del càncer colorectal (CCR), igual que el de l’intestí normal, està mediat per una jerarquia amb origen en cèl·lules mare. Les cèl·lules mare del càncer, identificades per l’expressió del gen LGR5, es troben a l’àpex de la jerarquia i impulsen l’expansió del CCR i la metàstasis. Aquesta tesi se centra en caracteritzar la dinàmica d’expansió dels diferents compartiments tumorals i en identificar les cèl·lules que en mantenen el creixement. També hem intentat elucidar quina és la cèl·lula d’origen de la metàstasi. Per a realitzar aquest projecte primer hem desenvolupat nous models per estudiar la malaltia humana, combinant el cultiu d’organoids derivats de pacients i l’edició genòmica mitjançant CRISPR/Cas9. Això ens ha permès visualitzar diferents tipus cel·lulars tumorals in vivo usant LGR5, KRT20 i EMP1 com a marcadors de cèl·lula mare, cèl·lula diferenciada i cèl·lula invasiva, respectivament. Addicionalment, també hem establert un sistema per seguir la progènie de les poblacions mencionades. Hem descobert que tant el compartiment de cèl·lules mare com el diferenciat són capaços de donar lloc a una progènie que persisteix en el temps, suggerint que ambdós tipus cel·lulars contribueixen al creixement tumoral. A més a més, hem observat plasticitat entre els dos compartiments, cosa que indica que la jerarquia cel·lular es perd durant el desenvolupament del tumor. Finalment, mitjançant l’ús d’EMP1 com a marcador de cèl·lules invasives hem identificat un subgrup de cèl·lules diferenciades amb propietats migratòries i amb potencial per reclutar cèl·lules mieloides. La nostra hipòtesi és que la població EMP1+ és la que dissemina del tumor primari i inicia la metàstasi. En resum , les nostres dades suposen una nova visió en l’estudi del mode de creixement del càncer de colon d’estadis avançats en humà, i suggereixen que els trets de cèl·lula mare no són necessaris per creixement tumoral ni la disseminació metastàtica, contràriament al que es pensava inicialment, degut als estudis realitzats en adenoma de ratolí.</subfield>
  </datafield>
7. <datafield ind1="8" ind2=" " tag="024">
  1. <subfield code="a">http://hdl.handle.net/10803/667524</subfield>
  </datafield>
8. <datafield ind1=" " ind2=" " tag="653">
  1. <subfield code="a">Càncer colorectal</subfield>
  </datafield>
9. <datafield ind1=" " ind2=" " tag="653">
  1. <subfield code="a">Cáncer colorrectal</subfield>
  </datafield>
10. <datafield ind1=" " ind2=" " tag="653">
  1. <subfield code="a">Colorectal cancer</subfield>
  </datafield>
11. <datafield ind1=" " ind2=" " tag="653">
  1. <subfield code="a">Genòmica</subfield>
  </datafield>
12. <datafield ind1=" " ind2=" " tag="653">
  1. <subfield code="a">Genómica</subfield>
  </datafield>
13. <datafield ind1=" " ind2=" " tag="653">
  1. <subfield code="a">Genomics</subfield>
  </datafield>
14. <datafield ind1=" " ind2=" " tag="653">
  1. <subfield code="a">Cèl·lules mare</subfield>
  </datafield>
15. <datafield ind1=" " ind2=" " tag="653">
  1. <subfield code="a">Células madre</subfield>
  </datafield>
16. <datafield ind1=" " ind2=" " tag="653">
  1. <subfield code="a">Stem cells</subfield>
  </datafield>
17. <datafield ind1="0" ind2="0" tag="245">
  1. <subfield code="a">A genome editing based approach to study tumor cell heterogeneity</subfield>
  </datafield>
</record>

marc_ccuc

Descargar XML

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>

<record schemaLocation="http://www.loc.gov/MARC21/slim http://www.loc.gov/standards/marcxml/schema/MARC21slim.xsd">
1. <leader>nam a 5i 4500</leader>
2. <datafield ind1=" " ind2=" " tag="653">
  1. <subfield code="a">Càncer colorectal</subfield>
  </datafield>
3. <datafield ind1=" " ind2=" " tag="653">
  1. <subfield code="a">Cáncer colorrectal</subfield>
  </datafield>
4. <datafield ind1=" " ind2=" " tag="653">
  1. <subfield code="a">Colorectal cancer</subfield>
  </datafield>
5. <datafield ind1=" " ind2=" " tag="653">
  1. <subfield code="a">Genòmica</subfield>
  </datafield>
6. <datafield ind1=" " ind2=" " tag="653">
  1. <subfield code="a">Genómica</subfield>
  </datafield>
7. <datafield ind1=" " ind2=" " tag="653">
  1. <subfield code="a">Genomics</subfield>
  </datafield>
8. <datafield ind1=" " ind2=" " tag="653">
  1. <subfield code="a">Cèl·lules mare</subfield>
  </datafield>
9. <datafield ind1=" " ind2=" " tag="653">
  1. <subfield code="a">Células madre</subfield>
  </datafield>
10. <datafield ind1=" " ind2=" " tag="653">
  1. <subfield code="a">Stem cells</subfield>
  </datafield>
11. <datafield ind1="1" ind2="0" tag="245">
  1. <subfield code="a">A genome editing based approach to study tumor cell heterogeneity</subfield>
  </datafield>
12. <datafield ind1=" " ind2="1" tag="264">
  1. <subfield code="a">[Barcelona] :</subfield>
  2. <subfield code="b">Universitat de Barcelona,</subfield>
  3. <subfield code="c">2019</subfield>
  </datafield>
13. <datafield ind1="4" ind2="0" tag="856">
  1. <subfield code="z">Accés lliure</subfield>
  2. <subfield code="u">http://hdl.handle.net/10803/667524</subfield>
  </datafield>
14. <controlfield tag="007">cr |||||||||||</controlfield>
15. <controlfield tag="008">AAMMDDs2019 sp ||||fsm||||0|| 0 eng|c</controlfield>
16. <datafield ind1="1" ind2=" " tag="100">
  1. <subfield code="a">Turón Rodrigo, Gemma,</subfield>
  2. <subfield code="e">autor</subfield>
  </datafield>
17. <datafield ind1=" " ind2=" " tag="300">
  1. <subfield code="a">1 recurs en línia (231 pàgines)</subfield>
  </datafield>
18. <datafield ind1=" " ind2=" " tag="500">
  1. <subfield code="a">Tesi realitzada a l'Institut de Recerca Biomèdica de Barcelona (IRBB)</subfield>
  </datafield>
19. <datafield ind1=" " ind2=" " tag="502">
  1. <subfield code="g">Tesi</subfield>
  2. <subfield code="b">Doctorat</subfield>
  3. <subfield code="c">Universitat de Barcelona. Facultat de Biologia</subfield>
  4. <subfield code="d">2019</subfield>
  </datafield>
20. <datafield ind1="2" ind2=" " tag="710">
  1. <subfield code="a">Universitat de Barcelona. Facultat de Biologia</subfield>
  </datafield>
21. <datafield ind1=" " ind2="4" tag="655">
  1. <subfield code="a">Tesis i dissertacions electròniques</subfield>
  </datafield>
22. <datafield ind1="1" ind2=" " tag="700">
  1. <subfield code="a">Batlle, Eduard,</subfield>
  2. <subfield code="e">supervisor acadèmic</subfield>
  </datafield>
23. <datafield ind1="1" ind2=" " tag="700">
  1. <subfield code="a">Cortina, Carme,</subfield>
  2. <subfield code="e">supervisor acadèmic</subfield>
  </datafield>
24. <datafield ind1="1" ind2=" " tag="700">
  1. <subfield code="a">Corominas, Montserrat</subfield>
  2. <subfield code="q">(Corominas Guiu)</subfield>
  3. <subfield code="e">supervisor acadèmic</subfield>
  </datafield>
25. <datafield ind1="0" ind2=" " tag="730">
  1. <subfield code="a">TDX</subfield>
  </datafield>
26. <datafield ind1=" " ind2=" " tag="520">
  1. <subfield code="a">Colorectal tumors are not homogeneous entities but rather composed of a mixture of cells with different phenotypes, reminiscent of healthy intestinal epithelium cell types. Intestinal epithelium is one of the organs with highest self-renewal rate, maintained by a pool of highly proliferating stem cells located at the base of the crypts. Daughters of the stem cells abandon the crypts and differentiate as they move up the villi, in a process that takes no longer than six days. Recent findings suggest that colorectal cancers (CRCs), like normal intestine, rely on a stem cell hierarchy for its growth. Cancer stem cells, identified by LGR5 gene expression, are at the apex of this hierarchy, and are thought to be the drivers of CRC expansion and metastasis. This thesis is focused on characterizing the growth dynamics of the different tumor compartments and identifying the cells that fuel tumor growth. Moreover, we have also tried to elucidate which is the cell of origin of metastasis. To complete this project we have first developed new models to study human disease, as most of the previous work relied on genetically modified mouse models to reproduce the disease. Here, we have combined patient-derived organoid 3D cultures and CRISPR/Cas9 genome editing techniques to insert fluorescent reporter proteins under the control of our genes of interest. This has allowed us to visualize different tumor cell types in vivo using LGR5, KRT20 and EMP1 as markers for stemness, differentiation and invasion respectively. In addition, we have also set up a system to follow the progeny of the abovementioned populations in vivo in intact tumors. We have identified the different tumor compartments by subcutaneously injecting modified human organoids into immunosuppressed mice. Flow cytometry purification and reinjection into secondary hosts of stem-like and differentiated-like cells has enabled us to discover that cancer cells retaining stem cell characteristics are more proficient in tumor initiation than the rest of the tumor. Nevertheless, lineage tracing of the abovementioned genes in an intact tumor cell environment shows how both stem and differentiated progenies are able to give rise to long lasting clones and thus equally fuel tumor growth. Furthermore, we have observed plasticity arising from both cell types, indicative that the cellular hierarchy is disrupted during tumor progression. In addition, we have defined EMP1 as a putative gene marker for invasive cells. EMP1-High cells are a differentiated subset of tumor cells that harbor migratory properties and secrete myeloid recruiting chemokines to the tumor site. Myeloid cells have been shown to contribute to all steps of metastasis in several cancer types. We hypothesize that this EMP1+ subpopulation is the one that disseminates from the primary tumor and initiates metastasis. For metastatic studies, we have resorted to mouse derived tumor organoids that allow the growth of primary and metastatic disease in fully immunocompetent ice, and we have set up new models to study disease relapse in metastatic sites upon primary tumor removal Taken together, our data provides new insights on the mode of tumor growth in advanced human colorectal carcinomas and suggests that stem cell traits are not required for tumor growth neither metastatic spread, contrary to what was initially though based on mouse adenoma studies.</subfield>
  </datafield>
27. <datafield ind1=" " ind2=" " tag="998">
  1. <subfield code="a">b</subfield>
  </datafield>
28. <datafield ind1=" " ind2=" " tag="040">
  1. <subfield code="a">ES-BaCBU</subfield>
  2. <subfield code="b">cat</subfield>
  3. <subfield code="e">rda</subfield>
  4. <subfield code="c">ES-BaCBU</subfield>
  </datafield>
29. <datafield ind1=" " ind2=" " tag="336">
  1. <subfield code="a">text</subfield>
  2. <subfield code="b">txt</subfield>
  3. <subfield code="2">rdacontent</subfield>
  </datafield>
30. <datafield ind1=" " ind2=" " tag="337">
  1. <subfield code="a">informàtic</subfield>
  2. <subfield code="b">c</subfield>
  3. <subfield code="2">rdamedia</subfield>
  </datafield>
31. <datafield ind1=" " ind2=" " tag="338">
  1. <subfield code="a">recurs en línia</subfield>
  2. <subfield code="b">cr</subfield>
  3. <subfield code="2">rdacarrier</subfield>
  </datafield>
</record>

mets

Descargar XML

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>

<mets ID=" DSpace_ITEM_10803-667524" OBJID=" hdl:10803/667524" PROFILE="DSpace METS SIP Profile 1.0" TYPE="DSpace ITEM" schemaLocation="http://www.loc.gov/METS/ http://www.loc.gov/standards/mets/mets.xsd">
1. <metsHdr CREATEDATE="2024-04-30T12:37:38Z">
  1. <agent ROLE="CUSTODIAN" TYPE="ORGANIZATION">
    1. <name>TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)</name>
    </agent>
  </metsHdr>
2. <dmdSec ID="DMD_10803_667524">
  1. <mdWrap MDTYPE="MODS">
    1. <xmlData schemaLocation="http://www.loc.gov/mods/v3 http://www.loc.gov/standards/mods/v3/mods-3-1.xsd">
      1. <mods:mods schemaLocation="http://www.loc.gov/mods/v3 http://www.loc.gov/standards/mods/v3/mods-3-1.xsd">
        <mods:name>
        <mods:role>
        <mods:roleTerm type="text">author</mods:roleTerm>
        </mods:role>
        <mods:namePart>Turón Rodrigo, Gemma</mods:namePart>
        </mods:name>
        <mods:name>
        <mods:role>
        <mods:roleTerm type="text">authoremailshow</mods:roleTerm>
        </mods:role>
        <mods:namePart>false</mods:namePart>
        </mods:name>
        <mods:name>
        <mods:role>
        <mods:roleTerm type="text">director</mods:roleTerm>
        </mods:role>
        <mods:namePart>Batlle, Eduard</mods:namePart>
        </mods:name>
        <mods:name>
        <mods:role>
        <mods:roleTerm type="text">director</mods:roleTerm>
        </mods:role>
        <mods:namePart>Cortina, Carme</mods:namePart>
        </mods:name>
        <mods:name>
        <mods:role>
        <mods:roleTerm type="text">tutor</mods:roleTerm>
        </mods:role>
        <mods:namePart>Corominas, Montserrat (Corominas Guiu)</mods:namePart>
        </mods:name>
        <mods:extension>
        <mods:dateAccessioned encoding="iso8601">2019-09-25T10:26:20Z</mods:dateAccessioned>
        </mods:extension>
        <mods:extension>
        <mods:dateAvailable encoding="iso8601">2020-04-24T02:00:10Z</mods:dateAvailable>
        </mods:extension>
        <mods:originInfo>
        <mods:dateIssued encoding="iso8601">2019-04-25</mods:dateIssued>
        </mods:originInfo>
        <mods:identifier type="uri">http://hdl.handle.net/10803/667524</mods:identifier>
        <mods:abstract>Colorectal tumors are not homogeneous entities but rather composed of a mixture of cells with different phenotypes, reminiscent of healthy intestinal epithelium cell types. Intestinal epithelium is one of the organs with highest self-renewal rate, maintained by a pool of highly proliferating stem cells located at the base of the crypts. Daughters of the stem cells abandon the crypts and differentiate as they move up the villi, in a process that takes no longer than six days. Recent findings suggest that colorectal cancers (CRCs), like normal intestine, rely on a stem cell hierarchy for its growth. Cancer stem cells, identified by LGR5 gene expression, are at the apex of this hierarchy, and are thought to be the drivers of CRC expansion and metastasis. This thesis is focused on characterizing the growth dynamics of the different tumor compartments and identifying the cells that fuel tumor growth. Moreover, we have also tried to elucidate which is the cell of origin of metastasis. To complete this project we have first developed new models to study human disease, as most of the previous work relied on genetically modified mouse models to reproduce the disease. Here, we have combined patient-derived organoid 3D cultures and CRISPR/Cas9 genome editing techniques to insert fluorescent reporter proteins under the control of our genes of interest. This has allowed us to visualize different tumor cell types in vivo using LGR5, KRT20 and EMP1 as markers for stemness, differentiation and invasion respectively. In addition, we have also set up a system to follow the progeny of the abovementioned populations in vivo in intact tumors. We have identified the different tumor compartments by subcutaneously injecting modified human organoids into immunosuppressed mice. Flow cytometry purification and reinjection into secondary hosts of stem-like and differentiated-like cells has enabled us to discover that cancer cells retaining stem cell characteristics are more proficient in tumor initiation than the rest of the tumor. Nevertheless, lineage tracing of the abovementioned genes in an intact tumor cell environment shows how both stem and differentiated progenies are able to give rise to long lasting clones and thus equally fuel tumor growth. Furthermore, we have observed plasticity arising from both cell types, indicative that the cellular hierarchy is disrupted during tumor progression. In addition, we have defined EMP1 as a putative gene marker for invasive cells. EMP1-High cells are a differentiated subset of tumor cells that harbor migratory properties and secrete myeloid recruiting chemokines to the tumor site. Myeloid cells have been shown to contribute to all steps of metastasis in several cancer types. We hypothesize that this EMP1+ subpopulation is the one that disseminates from the primary tumor and initiates metastasis. For metastatic studies, we have resorted to mouse derived tumor organoids that allow the growth of primary and metastatic disease in fully immunocompetent ice, and we have set up new models to study disease relapse in metastatic sites upon primary tumor removal Taken together, our data provides new insights on the mode of tumor growth in advanced human colorectal carcinomas and suggests that stem cell traits are not required for tumor growth neither metastatic spread, contrary to what was initially though based on mouse adenoma studies.Els tumors colorectals no són una entitat homogènia sinó que estan formats per una barreja de cèl·lules de fenotips variats, reminiscents dels tipus cel·lulars de l’epiteli intestinal sa. Estudis recents suggereixen que el creixement del càncer colorectal (CCR), igual que el de l’intestí normal, està mediat per una jerarquia amb origen en cèl·lules mare. Les cèl·lules mare del càncer, identificades per l’expressió del gen LGR5, es troben a l’àpex de la jerarquia i impulsen l’expansió del CCR i la metàstasis. Aquesta tesi se centra en caracteritzar la dinàmica d’expansió dels diferents compartiments tumorals i en identificar les cèl·lules que en mantenen el creixement. També hem intentat elucidar quina és la cèl·lula d’origen de la metàstasi. Per a realitzar aquest projecte primer hem desenvolupat nous models per estudiar la malaltia humana, combinant el cultiu d’organoids derivats de pacients i l’edició genòmica mitjançant CRISPR/Cas9. Això ens ha permès visualitzar diferents tipus cel·lulars tumorals in vivo usant LGR5, KRT20 i EMP1 com a marcadors de cèl·lula mare, cèl·lula diferenciada i cèl·lula invasiva, respectivament. Addicionalment, també hem establert un sistema per seguir la progènie de les poblacions mencionades. Hem descobert que tant el compartiment de cèl·lules mare com el diferenciat són capaços de donar lloc a una progènie que persisteix en el temps, suggerint que ambdós tipus cel·lulars contribueixen al creixement tumoral. A més a més, hem observat plasticitat entre els dos compartiments, cosa que indica que la jerarquia cel·lular es perd durant el desenvolupament del tumor. Finalment, mitjançant l’ús d’EMP1 com a marcador de cèl·lules invasives hem identificat un subgrup de cèl·lules diferenciades amb propietats migratòries i amb potencial per reclutar cèl·lules mieloides. La nostra hipòtesi és que la població EMP1+ és la que dissemina del tumor primari i inicia la metàstasi. En resum , les nostres dades suposen una nova visió en l’estudi del mode de creixement del càncer de colon d’estadis avançats en humà, i suggereixen que els trets de cèl·lula mare no són necessaris per creixement tumoral ni la disseminació metastàtica, contràriament al que es pensava inicialment, degut als estudis realitzats en adenoma de ratolí.</mods:abstract>
        <mods:language>
        <mods:languageTerm authority="rfc3066">eng</mods:languageTerm>
        </mods:language>
        <mods:accessCondition type="useAndReproduction" />
        <mods:subject>
        <mods:topic>Càncer colorectal</mods:topic>
        </mods:subject>
        <mods:subject>
        <mods:topic>Cáncer colorrectal</mods:topic>
        </mods:subject>
        <mods:subject>
        <mods:topic>Colorectal cancer</mods:topic>
        </mods:subject>
        <mods:subject>
        <mods:topic>Genòmica</mods:topic>
        </mods:subject>
        <mods:subject>
        <mods:topic>Genómica</mods:topic>
        </mods:subject>
        <mods:subject>
        <mods:topic>Genomics</mods:topic>
        </mods:subject>
        <mods:subject>
        <mods:topic>Cèl·lules mare</mods:topic>
        </mods:subject>
        <mods:subject>
        <mods:topic>Células madre</mods:topic>
        </mods:subject>
        <mods:subject>
        <mods:topic>Stem cells</mods:topic>
        </mods:subject>
        <mods:titleInfo>
        <mods:title>A genome editing based approach to study tumor cell heterogeneity</mods:title>
        </mods:titleInfo>
        <mods:genre>info:eu-repo/semantics/doctoralThesis info:eu-repo/semantics/publishedVersion</mods:genre>
        </mods:mods>
      </xmlData>
    </mdWrap>
  </dmdSec>
3. <amdSec ID="FO_10803_667524_1">
  1. <techMD ID="TECH_O_10803_667524_1">
    1. <mdWrap MDTYPE="PREMIS">
      1. <xmlData schemaLocation="http://www.loc.gov/standards/premis http://www.loc.gov/standards/premis/PREMIS-v1-0.xsd">
        <premis:premis>
        <premis:object>
        <premis:objectIdentifier>
        <premis:objectIdentifierType>URL</premis:objectIdentifierType>
        <premis:objectIdentifierValue>https://www.tdx.cat/bitstream/10803/667524/1/GTR_PhD_THESIS.pdf</premis:objectIdentifierValue>
        </premis:objectIdentifier>
        <premis:objectCategory>File</premis:objectCategory>
        <premis:objectCharacteristics>
        <premis:fixity>
        <premis:messageDigestAlgorithm>MD5</premis:messageDigestAlgorithm>
        <premis:messageDigest>fe690c9a94df8e395b8b49e1b6ddf165</premis:messageDigest>
        </premis:fixity>
        <premis:size>8458642</premis:size>
        <premis:format>
        <premis:formatDesignation>
        <premis:formatName>application/pdf</premis:formatName>
        </premis:formatDesignation>
        </premis:format>
        </premis:objectCharacteristics>
        <premis:originalName>GTR_PhD_THESIS.pdf</premis:originalName>
        </premis:object>
        </premis:premis>
        </xmlData>
      </mdWrap>
    </techMD>
  </amdSec>
4. <fileSec>
  1. <fileGrp USE="ORIGINAL">
    1. <file ADMID="FO_10803_667524_1" CHECKSUM="fe690c9a94df8e395b8b49e1b6ddf165" CHECKSUMTYPE="MD5" GROUPID="GROUP_BITSTREAM_10803_667524_1" ID="BITSTREAM_ORIGINAL_10803_667524_1" MIMETYPE="application/pdf" SEQ="1" SIZE="8458642">
      1. <FLocat LOCTYPE="URL" href="https://www.tdx.cat/bitstream/10803/667524/1/GTR_PhD_THESIS.pdf" type="simple" />
      </file>
    </fileGrp>
  </fileSec>
5. <structMap LABEL="DSpace Object" TYPE="LOGICAL">
  1. <div ADMID="DMD_10803_667524" TYPE="DSpace Object Contents">
    1. <div TYPE="DSpace BITSTREAM">
      1. <fptr FILEID="BITSTREAM_ORIGINAL_10803_667524_1" />
      </div>
    </div>
  </structMap>
</mets>

mods

Descargar XML

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>

<mods:mods schemaLocation="http://www.loc.gov/mods/v3 http://www.loc.gov/standards/mods/v3/mods-3-1.xsd">
1. <mods:name>
  1. <mods:namePart>Turón Rodrigo, Gemma</mods:namePart>
  </mods:name>
2. <mods:extension>
  1. <mods:dateAvailable encoding="iso8601">2019-09-25T10:26:20Z</mods:dateAvailable>
  </mods:extension>
3. <mods:extension>
  1. <mods:dateAccessioned encoding="iso8601">2020-04-24T02:00:10Z</mods:dateAccessioned>
  </mods:extension>
4. <mods:originInfo>
  1. <mods:dateIssued encoding="iso8601">2019-04-25</mods:dateIssued>
  </mods:originInfo>
5. <mods:identifier type="uri">http://hdl.handle.net/10803/667524</mods:identifier>
6. <mods:abstract>Colorectal tumors are not homogeneous entities but rather composed of a mixture of cells with different phenotypes, reminiscent of healthy intestinal epithelium cell types. Intestinal epithelium is one of the organs with highest self-renewal rate, maintained by a pool of highly proliferating stem cells located at the base of the crypts. Daughters of the stem cells abandon the crypts and differentiate as they move up the villi, in a process that takes no longer than six days. Recent findings suggest that colorectal cancers (CRCs), like normal intestine, rely on a stem cell hierarchy for its growth. Cancer stem cells, identified by LGR5 gene expression, are at the apex of this hierarchy, and are thought to be the drivers of CRC expansion and metastasis. This thesis is focused on characterizing the growth dynamics of the different tumor compartments and identifying the cells that fuel tumor growth. Moreover, we have also tried to elucidate which is the cell of origin of metastasis. To complete this project we have first developed new models to study human disease, as most of the previous work relied on genetically modified mouse models to reproduce the disease. Here, we have combined patient-derived organoid 3D cultures and CRISPR/Cas9 genome editing techniques to insert fluorescent reporter proteins under the control of our genes of interest. This has allowed us to visualize different tumor cell types in vivo using LGR5, KRT20 and EMP1 as markers for stemness, differentiation and invasion respectively. In addition, we have also set up a system to follow the progeny of the abovementioned populations in vivo in intact tumors. We have identified the different tumor compartments by subcutaneously injecting modified human organoids into immunosuppressed mice. Flow cytometry purification and reinjection into secondary hosts of stem-like and differentiated-like cells has enabled us to discover that cancer cells retaining stem cell characteristics are more proficient in tumor initiation than the rest of the tumor. Nevertheless, lineage tracing of the abovementioned genes in an intact tumor cell environment shows how both stem and differentiated progenies are able to give rise to long lasting clones and thus equally fuel tumor growth. Furthermore, we have observed plasticity arising from both cell types, indicative that the cellular hierarchy is disrupted during tumor progression. In addition, we have defined EMP1 as a putative gene marker for invasive cells. EMP1-High cells are a differentiated subset of tumor cells that harbor migratory properties and secrete myeloid recruiting chemokines to the tumor site. Myeloid cells have been shown to contribute to all steps of metastasis in several cancer types. We hypothesize that this EMP1+ subpopulation is the one that disseminates from the primary tumor and initiates metastasis. For metastatic studies, we have resorted to mouse derived tumor organoids that allow the growth of primary and metastatic disease in fully immunocompetent ice, and we have set up new models to study disease relapse in metastatic sites upon primary tumor removal Taken together, our data provides new insights on the mode of tumor growth in advanced human colorectal carcinomas and suggests that stem cell traits are not required for tumor growth neither metastatic spread, contrary to what was initially though based on mouse adenoma studies.</mods:abstract>
7. <mods:abstract>Els tumors colorectals no són una entitat homogènia sinó que estan formats per una barreja de cèl·lules de fenotips variats, reminiscents dels tipus cel·lulars de l’epiteli intestinal sa. Estudis recents suggereixen que el creixement del càncer colorectal (CCR), igual que el de l’intestí normal, està mediat per una jerarquia amb origen en cèl·lules mare. Les cèl·lules mare del càncer, identificades per l’expressió del gen LGR5, es troben a l’àpex de la jerarquia i impulsen l’expansió del CCR i la metàstasis. Aquesta tesi se centra en caracteritzar la dinàmica d’expansió dels diferents compartiments tumorals i en identificar les cèl·lules que en mantenen el creixement. També hem intentat elucidar quina és la cèl·lula d’origen de la metàstasi. Per a realitzar aquest projecte primer hem desenvolupat nous models per estudiar la malaltia humana, combinant el cultiu d’organoids derivats de pacients i l’edició genòmica mitjançant CRISPR/Cas9. Això ens ha permès visualitzar diferents tipus cel·lulars tumorals in vivo usant LGR5, KRT20 i EMP1 com a marcadors de cèl·lula mare, cèl·lula diferenciada i cèl·lula invasiva, respectivament. Addicionalment, també hem establert un sistema per seguir la progènie de les poblacions mencionades. Hem descobert que tant el compartiment de cèl·lules mare com el diferenciat són capaços de donar lloc a una progènie que persisteix en el temps, suggerint que ambdós tipus cel·lulars contribueixen al creixement tumoral. A més a més, hem observat plasticitat entre els dos compartiments, cosa que indica que la jerarquia cel·lular es perd durant el desenvolupament del tumor. Finalment, mitjançant l’ús d’EMP1 com a marcador de cèl·lules invasives hem identificat un subgrup de cèl·lules diferenciades amb propietats migratòries i amb potencial per reclutar cèl·lules mieloides. La nostra hipòtesi és que la població EMP1+ és la que dissemina del tumor primari i inicia la metàstasi. En resum , les nostres dades suposen una nova visió en l’estudi del mode de creixement del càncer de colon d’estadis avançats en humà, i suggereixen que els trets de cèl·lula mare no són necessaris per creixement tumoral ni la disseminació metastàtica, contràriament al que es pensava inicialment, degut als estudis realitzats en adenoma de ratolí.</mods:abstract>
8. <mods:language>
  1. <mods:languageTerm>eng</mods:languageTerm>
  </mods:language>
9. <mods:accessCondition type="useAndReproduction">ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.</mods:accessCondition>
10. <mods:accessCondition type="useAndReproduction">info:eu-repo/semantics/openAccess</mods:accessCondition>
11. <mods:subject>
  1. <mods:topic>Càncer colorectal</mods:topic>
  </mods:subject>
12. <mods:subject>
  1. <mods:topic>Cáncer colorrectal</mods:topic>
  </mods:subject>
13. <mods:subject>
  1. <mods:topic>Colorectal cancer</mods:topic>
  </mods:subject>
14. <mods:subject>
  1. <mods:topic>Genòmica</mods:topic>
  </mods:subject>
15. <mods:subject>
  1. <mods:topic>Genómica</mods:topic>
  </mods:subject>
16. <mods:subject>
  1. <mods:topic>Genomics</mods:topic>
  </mods:subject>
17. <mods:subject>
  1. <mods:topic>Cèl·lules mare</mods:topic>
  </mods:subject>
18. <mods:subject>
  1. <mods:topic>Células madre</mods:topic>
  </mods:subject>
19. <mods:subject>
  1. <mods:topic>Stem cells</mods:topic>
  </mods:subject>
20. <mods:titleInfo>
  1. <mods:title>A genome editing based approach to study tumor cell heterogeneity</mods:title>
  </mods:titleInfo>
21. <mods:genre>info:eu-repo/semantics/doctoralThesis</mods:genre>
22. <mods:genre>info:eu-repo/semantics/publishedVersion</mods:genre>
</mods:mods>

oaire

Descargar XML

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>

<oaire:record schemaLocation="http://namespaceopenaire.eu/schema/oaire/">
1. <dc:title>A genome editing based approach to study tumor cell heterogeneity</dc:title>
2. <datacite:creator>
  1. <datacite:creatorName>Turón Rodrigo, Gemma</datacite:creatorName>
  </datacite:creator>
3. <datacite:contributor>false</datacite:contributor>
4. <datacite:contributor>Batlle, Eduard</datacite:contributor>
5. <datacite:contributor>Cortina, Carme</datacite:contributor>
6. <datacite:contributor>Corominas, Montserrat (Corominas Guiu)</datacite:contributor>
7. <datacite:contributor>Universitat de Barcelona. Facultat de Biologia</datacite:contributor>
8. <dc:subject>Càncer colorectal</dc:subject>
9. <dc:subject>Cáncer colorrectal</dc:subject>
10. <dc:subject>Colorectal cancer</dc:subject>
11. <dc:subject>Genòmica</dc:subject>
12. <dc:subject>Genómica</dc:subject>
13. <dc:subject>Genomics</dc:subject>
14. <dc:subject>Cèl·lules mare</dc:subject>
15. <dc:subject>Células madre</dc:subject>
16. <dc:subject>Stem cells</dc:subject>
17. <dc:subject>Ciències Experimentals i Matemàtiques</dc:subject>
18. <dc:subject>577</dc:subject>
19. <dc:description>Tesi realitzada a l'Institut de Recerca Biomèdica de Barcelona (IRBB)</dc:description>
20. <dc:description>Colorectal tumors are not homogeneous entities but rather composed of a mixture of cells with different phenotypes, reminiscent of healthy intestinal epithelium cell types. Intestinal epithelium is one of the organs with highest self-renewal rate, maintained by a pool of highly proliferating stem cells located at the base of the crypts. Daughters of the stem cells abandon the crypts and differentiate as they move up the villi, in a process that takes no longer than six days. Recent findings suggest that colorectal cancers (CRCs), like normal intestine, rely on a stem cell hierarchy for its growth. Cancer stem cells, identified by LGR5 gene expression, are at the apex of this hierarchy, and are thought to be the drivers of CRC expansion and metastasis. This thesis is focused on characterizing the growth dynamics of the different tumor compartments and identifying the cells that fuel tumor growth. Moreover, we have also tried to elucidate which is the cell of origin of metastasis. To complete this project we have first developed new models to study human disease, as most of the previous work relied on genetically modified mouse models to reproduce the disease. Here, we have combined patient-derived organoid 3D cultures and CRISPR/Cas9 genome editing techniques to insert fluorescent reporter proteins under the control of our genes of interest. This has allowed us to visualize different tumor cell types in vivo using LGR5, KRT20 and EMP1 as markers for stemness, differentiation and invasion respectively. In addition, we have also set up a system to follow the progeny of the abovementioned populations in vivo in intact tumors. We have identified the different tumor compartments by subcutaneously injecting modified human organoids into immunosuppressed mice. Flow cytometry purification and reinjection into secondary hosts of stem-like and differentiated-like cells has enabled us to discover that cancer cells retaining stem cell characteristics are more proficient in tumor initiation than the rest of the tumor. Nevertheless, lineage tracing of the abovementioned genes in an intact tumor cell environment shows how both stem and differentiated progenies are able to give rise to long lasting clones and thus equally fuel tumor growth. Furthermore, we have observed plasticity arising from both cell types, indicative that the cellular hierarchy is disrupted during tumor progression. In addition, we have defined EMP1 as a putative gene marker for invasive cells. EMP1-High cells are a differentiated subset of tumor cells that harbor migratory properties and secrete myeloid recruiting chemokines to the tumor site. Myeloid cells have been shown to contribute to all steps of metastasis in several cancer types. We hypothesize that this EMP1+ subpopulation is the one that disseminates from the primary tumor and initiates metastasis. For metastatic studies, we have resorted to mouse derived tumor organoids that allow the growth of primary and metastatic disease in fully immunocompetent ice, and we have set up new models to study disease relapse in metastatic sites upon primary tumor removal Taken together, our data provides new insights on the mode of tumor growth in advanced human colorectal carcinomas and suggests that stem cell traits are not required for tumor growth neither metastatic spread, contrary to what was initially though based on mouse adenoma studies.</dc:description>
21. <dc:description>Els tumors colorectals no són una entitat homogènia sinó que estan formats per una barreja de cèl·lules de fenotips variats, reminiscents dels tipus cel·lulars de l’epiteli intestinal sa. Estudis recents suggereixen que el creixement del càncer colorectal (CCR), igual que el de l’intestí normal, està mediat per una jerarquia amb origen en cèl·lules mare. Les cèl·lules mare del càncer, identificades per l’expressió del gen LGR5, es troben a l’àpex de la jerarquia i impulsen l’expansió del CCR i la metàstasis. Aquesta tesi se centra en caracteritzar la dinàmica d’expansió dels diferents compartiments tumorals i en identificar les cèl·lules que en mantenen el creixement. També hem intentat elucidar quina és la cèl·lula d’origen de la metàstasi. Per a realitzar aquest projecte primer hem desenvolupat nous models per estudiar la malaltia humana, combinant el cultiu d’organoids derivats de pacients i l’edició genòmica mitjançant CRISPR/Cas9. Això ens ha permès visualitzar diferents tipus cel·lulars tumorals in vivo usant LGR5, KRT20 i EMP1 com a marcadors de cèl·lula mare, cèl·lula diferenciada i cèl·lula invasiva, respectivament. Addicionalment, també hem establert un sistema per seguir la progènie de les poblacions mencionades. Hem descobert que tant el compartiment de cèl·lules mare com el diferenciat són capaços de donar lloc a una progènie que persisteix en el temps, suggerint que ambdós tipus cel·lulars contribueixen al creixement tumoral. A més a més, hem observat plasticitat entre els dos compartiments, cosa que indica que la jerarquia cel·lular es perd durant el desenvolupament del tumor. Finalment, mitjançant l’ús d’EMP1 com a marcador de cèl·lules invasives hem identificat un subgrup de cèl·lules diferenciades amb propietats migratòries i amb potencial per reclutar cèl·lules mieloides. La nostra hipòtesi és que la població EMP1+ és la que dissemina del tumor primari i inicia la metàstasi. En resum , les nostres dades suposen una nova visió en l’estudi del mode de creixement del càncer de colon d’estadis avançats en humà, i suggereixen que els trets de cèl·lula mare no són necessaris per creixement tumoral ni la disseminació metastàtica, contràriament al que es pensava inicialment, degut als estudis realitzats en adenoma de ratolí.</dc:description>
22. <dc:date>2019-09-25T10:26:20Z</dc:date>
23. <dc:date>2020-04-24T02:00:10Z</dc:date>
24. <dc:date>2019-04-25</dc:date>
25. <dc:type>info:eu-repo/semantics/doctoralThesis</dc:type>
26. <dc:type>info:eu-repo/semantics/publishedVersion</dc:type>
27. <datacite:alternateIdentifier>http://hdl.handle.net/10803/667524</datacite:alternateIdentifier>
28. <dc:language>eng</dc:language>
29. <dc:rights>ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.</dc:rights>
30. <dc:rights>info:eu-repo/semantics/openAccess</dc:rights>
31. <dc:format>231 p.</dc:format>
32. <dc:format>application/pdf</dc:format>
33. <dc:format>application/pdf</dc:format>
34. <dc:publisher>Universitat de Barcelona</dc:publisher>
35. <dc:source>TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)</dc:source>
36. <oaire:file>https://www.tdx.cat/bitstream/10803/667524/1/GTR_PhD_THESIS.pdf</oaire:file>
</oaire:record>

ore

Descargar XML

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>

<atom:entry schemaLocation="http://www.w3.org/2005/Atom http://www.kbcafe.com/rss/atom.xsd.xml">
1. <atom:id>http://hdl.handle.net/10803/667524/ore.xml</atom:id>
2. <atom:link href="http://hdl.handle.net/10803/667524" rel="alternate" />
3. <atom:link href="http://hdl.handle.net/10803/667524/ore.xml" rel="http://www.openarchives.org/ore/terms/describes" />
4. <atom:link href="http://hdl.handle.net/10803/667524/ore.xml#atom" rel="self" type="application/atom+xml" />
5. <atom:published>2020-04-24T02:00:10Z</atom:published>
6. <atom:updated>2019-09-25T10:26:20Z</atom:updated>
7. <atom:source>
  1. <atom:generator>TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)</atom:generator>
  </atom:source>
8. <atom:title>A genome editing based approach to study tumor cell heterogeneity</atom:title>
9. <atom:author>
  1. <atom:name>Turón Rodrigo, Gemma</atom:name>
  </atom:author>
10. <atom:category label="Aggregation" scheme="http://www.openarchives.org/ore/terms/" term="http://www.openarchives.org/ore/terms/Aggregation" />
11. <atom:category scheme="http://www.openarchives.org/ore/atom/modified" term="2019-09-25T10:26:20Z" />
12. <atom:category label="DSpace Item" scheme="http://www.dspace.org/objectModel/" term="DSpaceItem" />
13. <atom:link href="https://www.tdx.cat/bitstream/10803/667524/1/GTR_PhD_THESIS.pdf" length="8458642" rel="http://www.openarchives.org/ore/terms/aggregates" title="GTR_PhD_THESIS.pdf" type="application/pdf" />
14. <oreatom:triples>
  1. <rdf:Description about="http://hdl.handle.net/10803/667524/ore.xml#atom">
    1. <rdf:type resource="http://www.dspace.org/objectModel/DSpaceItem" />
    2. <dcterms:modified>2019-09-25T10:26:20Z</dcterms:modified>
    </rdf:Description>
  2. <rdf:Description about="https://www.tdx.cat/bitstream/10803/667524/1/GTR_PhD_THESIS.pdf">
    1. <rdf:type resource="http://www.dspace.org/objectModel/DSpaceBitstream" />
    2. <dcterms:description>ORIGINAL</dcterms:description>
    </rdf:Description>
  3. <rdf:Description about="https://www.tdx.cat/bitstream/10803/667524/2/GTR_PhD_THESIS.pdf.xml">
    1. <rdf:type resource="http://www.dspace.org/objectModel/DSpaceBitstream" />
    2. <dcterms:description>MEDIA_DOCUMENT</dcterms:description>
    </rdf:Description>
  </oreatom:triples>
</atom:entry>

qdc

Descargar XML

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>

<qdc:qualifieddc schemaLocation="http://purl.org/dc/elements/1.1/ http://dublincore.org/schemas/xmls/qdc/2006/01/06/dc.xsd http://purl.org/dc/terms/ http://dublincore.org/schemas/xmls/qdc/2006/01/06/dcterms.xsd http://dspace.org/qualifieddc/ http://www.ukoln.ac.uk/metadata/dcmi/xmlschema/qualifieddc.xsd">
1. <dc:title>A genome editing based approach to study tumor cell heterogeneity</dc:title>
2. <dc:creator>Turón Rodrigo, Gemma</dc:creator>
3. <dc:contributor>Batlle, Eduard</dc:contributor>
4. <dc:contributor>Cortina, Carme</dc:contributor>
5. <dc:contributor>Corominas, Montserrat (Corominas Guiu)</dc:contributor>
6. <dc:subject>Càncer colorectal</dc:subject>
7. <dc:subject>Cáncer colorrectal</dc:subject>
8. <dc:subject>Colorectal cancer</dc:subject>
9. <dc:subject>Genòmica</dc:subject>
10. <dc:subject>Genómica</dc:subject>
11. <dc:subject>Genomics</dc:subject>
12. <dc:subject>Cèl·lules mare</dc:subject>
13. <dc:subject>Células madre</dc:subject>
14. <dc:subject>Stem cells</dc:subject>
15. <dcterms:abstract>Colorectal tumors are not homogeneous entities but rather composed of a mixture of cells with different phenotypes, reminiscent of healthy intestinal epithelium cell types. Intestinal epithelium is one of the organs with highest self-renewal rate, maintained by a pool of highly proliferating stem cells located at the base of the crypts. Daughters of the stem cells abandon the crypts and differentiate as they move up the villi, in a process that takes no longer than six days. Recent findings suggest that colorectal cancers (CRCs), like normal intestine, rely on a stem cell hierarchy for its growth. Cancer stem cells, identified by LGR5 gene expression, are at the apex of this hierarchy, and are thought to be the drivers of CRC expansion and metastasis. This thesis is focused on characterizing the growth dynamics of the different tumor compartments and identifying the cells that fuel tumor growth. Moreover, we have also tried to elucidate which is the cell of origin of metastasis. To complete this project we have first developed new models to study human disease, as most of the previous work relied on genetically modified mouse models to reproduce the disease. Here, we have combined patient-derived organoid 3D cultures and CRISPR/Cas9 genome editing techniques to insert fluorescent reporter proteins under the control of our genes of interest. This has allowed us to visualize different tumor cell types in vivo using LGR5, KRT20 and EMP1 as markers for stemness, differentiation and invasion respectively. In addition, we have also set up a system to follow the progeny of the abovementioned populations in vivo in intact tumors. We have identified the different tumor compartments by subcutaneously injecting modified human organoids into immunosuppressed mice. Flow cytometry purification and reinjection into secondary hosts of stem-like and differentiated-like cells has enabled us to discover that cancer cells retaining stem cell characteristics are more proficient in tumor initiation than the rest of the tumor. Nevertheless, lineage tracing of the abovementioned genes in an intact tumor cell environment shows how both stem and differentiated progenies are able to give rise to long lasting clones and thus equally fuel tumor growth. Furthermore, we have observed plasticity arising from both cell types, indicative that the cellular hierarchy is disrupted during tumor progression. In addition, we have defined EMP1 as a putative gene marker for invasive cells. EMP1-High cells are a differentiated subset of tumor cells that harbor migratory properties and secrete myeloid recruiting chemokines to the tumor site. Myeloid cells have been shown to contribute to all steps of metastasis in several cancer types. We hypothesize that this EMP1+ subpopulation is the one that disseminates from the primary tumor and initiates metastasis. For metastatic studies, we have resorted to mouse derived tumor organoids that allow the growth of primary and metastatic disease in fully immunocompetent ice, and we have set up new models to study disease relapse in metastatic sites upon primary tumor removal Taken together, our data provides new insights on the mode of tumor growth in advanced human colorectal carcinomas and suggests that stem cell traits are not required for tumor growth neither metastatic spread, contrary to what was initially though based on mouse adenoma studies.</dcterms:abstract>
16. <dcterms:abstract>Els tumors colorectals no són una entitat homogènia sinó que estan formats per una barreja de cèl·lules de fenotips variats, reminiscents dels tipus cel·lulars de l’epiteli intestinal sa. Estudis recents suggereixen que el creixement del càncer colorectal (CCR), igual que el de l’intestí normal, està mediat per una jerarquia amb origen en cèl·lules mare. Les cèl·lules mare del càncer, identificades per l’expressió del gen LGR5, es troben a l’àpex de la jerarquia i impulsen l’expansió del CCR i la metàstasis. Aquesta tesi se centra en caracteritzar la dinàmica d’expansió dels diferents compartiments tumorals i en identificar les cèl·lules que en mantenen el creixement. També hem intentat elucidar quina és la cèl·lula d’origen de la metàstasi. Per a realitzar aquest projecte primer hem desenvolupat nous models per estudiar la malaltia humana, combinant el cultiu d’organoids derivats de pacients i l’edició genòmica mitjançant CRISPR/Cas9. Això ens ha permès visualitzar diferents tipus cel·lulars tumorals in vivo usant LGR5, KRT20 i EMP1 com a marcadors de cèl·lula mare, cèl·lula diferenciada i cèl·lula invasiva, respectivament. Addicionalment, també hem establert un sistema per seguir la progènie de les poblacions mencionades. Hem descobert que tant el compartiment de cèl·lules mare com el diferenciat són capaços de donar lloc a una progènie que persisteix en el temps, suggerint que ambdós tipus cel·lulars contribueixen al creixement tumoral. A més a més, hem observat plasticitat entre els dos compartiments, cosa que indica que la jerarquia cel·lular es perd durant el desenvolupament del tumor. Finalment, mitjançant l’ús d’EMP1 com a marcador de cèl·lules invasives hem identificat un subgrup de cèl·lules diferenciades amb propietats migratòries i amb potencial per reclutar cèl·lules mieloides. La nostra hipòtesi és que la població EMP1+ és la que dissemina del tumor primari i inicia la metàstasi. En resum , les nostres dades suposen una nova visió en l’estudi del mode de creixement del càncer de colon d’estadis avançats en humà, i suggereixen que els trets de cèl·lula mare no són necessaris per creixement tumoral ni la disseminació metastàtica, contràriament al que es pensava inicialment, degut als estudis realitzats en adenoma de ratolí.</dcterms:abstract>
17. <dcterms:dateAccepted>2020-04-24T02:00:10Z</dcterms:dateAccepted>
18. <dcterms:available>2020-04-24T02:00:10Z</dcterms:available>
19. <dcterms:created>2020-04-24T02:00:10Z</dcterms:created>
20. <dcterms:issued>2019-04-25</dcterms:issued>
21. <dc:type>info:eu-repo/semantics/doctoralThesis</dc:type>
22. <dc:type>info:eu-repo/semantics/publishedVersion</dc:type>
23. <dc:identifier>http://hdl.handle.net/10803/667524</dc:identifier>
24. <dc:language>eng</dc:language>
25. <dc:rights>ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.</dc:rights>
26. <dc:rights>info:eu-repo/semantics/openAccess</dc:rights>
27. <dc:publisher>Universitat de Barcelona</dc:publisher>
28. <dc:source>TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)</dc:source>
</qdc:qualifieddc>

rdf

Descargar XML

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>

<rdf:RDF schemaLocation="http://www.openarchives.org/OAI/2.0/rdf/ http://www.openarchives.org/OAI/2.0/rdf.xsd">
1. <ow:Publication about="oai:www.tdx.cat:10803/667524">
  1. <dc:title>A genome editing based approach to study tumor cell heterogeneity</dc:title>
  2. <dc:creator>Turón Rodrigo, Gemma</dc:creator>
  3. <dc:contributor>false</dc:contributor>
  4. <dc:contributor>Batlle, Eduard</dc:contributor>
  5. <dc:contributor>Cortina, Carme</dc:contributor>
  6. <dc:contributor>Corominas, Montserrat (Corominas Guiu)</dc:contributor>
  7. <dc:subject>Càncer colorectal</dc:subject>
  8. <dc:subject>Cáncer colorrectal</dc:subject>
  9. <dc:subject>Colorectal cancer</dc:subject>
  10. <dc:subject>Genòmica</dc:subject>
  11. <dc:subject>Genómica</dc:subject>
  12. <dc:subject>Genomics</dc:subject>
  13. <dc:subject>Cèl·lules mare</dc:subject>
  14. <dc:subject>Células madre</dc:subject>
  15. <dc:subject>Stem cells</dc:subject>
  16. <dc:description>Tesi realitzada a l'Institut de Recerca Biomèdica de Barcelona (IRBB)</dc:description>
  17. <dc:description>Colorectal tumors are not homogeneous entities but rather composed of a mixture of cells with different phenotypes, reminiscent of healthy intestinal epithelium cell types. Intestinal epithelium is one of the organs with highest self-renewal rate, maintained by a pool of highly proliferating stem cells located at the base of the crypts. Daughters of the stem cells abandon the crypts and differentiate as they move up the villi, in a process that takes no longer than six days. Recent findings suggest that colorectal cancers (CRCs), like normal intestine, rely on a stem cell hierarchy for its growth. Cancer stem cells, identified by LGR5 gene expression, are at the apex of this hierarchy, and are thought to be the drivers of CRC expansion and metastasis. This thesis is focused on characterizing the growth dynamics of the different tumor compartments and identifying the cells that fuel tumor growth. Moreover, we have also tried to elucidate which is the cell of origin of metastasis. To complete this project we have first developed new models to study human disease, as most of the previous work relied on genetically modified mouse models to reproduce the disease. Here, we have combined patient-derived organoid 3D cultures and CRISPR/Cas9 genome editing techniques to insert fluorescent reporter proteins under the control of our genes of interest. This has allowed us to visualize different tumor cell types in vivo using LGR5, KRT20 and EMP1 as markers for stemness, differentiation and invasion respectively. In addition, we have also set up a system to follow the progeny of the abovementioned populations in vivo in intact tumors. We have identified the different tumor compartments by subcutaneously injecting modified human organoids into immunosuppressed mice. Flow cytometry purification and reinjection into secondary hosts of stem-like and differentiated-like cells has enabled us to discover that cancer cells retaining stem cell characteristics are more proficient in tumor initiation than the rest of the tumor. Nevertheless, lineage tracing of the abovementioned genes in an intact tumor cell environment shows how both stem and differentiated progenies are able to give rise to long lasting clones and thus equally fuel tumor growth. Furthermore, we have observed plasticity arising from both cell types, indicative that the cellular hierarchy is disrupted during tumor progression. In addition, we have defined EMP1 as a putative gene marker for invasive cells. EMP1-High cells are a differentiated subset of tumor cells that harbor migratory properties and secrete myeloid recruiting chemokines to the tumor site. Myeloid cells have been shown to contribute to all steps of metastasis in several cancer types. We hypothesize that this EMP1+ subpopulation is the one that disseminates from the primary tumor and initiates metastasis. For metastatic studies, we have resorted to mouse derived tumor organoids that allow the growth of primary and metastatic disease in fully immunocompetent ice, and we have set up new models to study disease relapse in metastatic sites upon primary tumor removal Taken together, our data provides new insights on the mode of tumor growth in advanced human colorectal carcinomas and suggests that stem cell traits are not required for tumor growth neither metastatic spread, contrary to what was initially though based on mouse adenoma studies.</dc:description>
  18. <dc:description>Els tumors colorectals no són una entitat homogènia sinó que estan formats per una barreja de cèl·lules de fenotips variats, reminiscents dels tipus cel·lulars de l’epiteli intestinal sa. Estudis recents suggereixen que el creixement del càncer colorectal (CCR), igual que el de l’intestí normal, està mediat per una jerarquia amb origen en cèl·lules mare. Les cèl·lules mare del càncer, identificades per l’expressió del gen LGR5, es troben a l’àpex de la jerarquia i impulsen l’expansió del CCR i la metàstasis. Aquesta tesi se centra en caracteritzar la dinàmica d’expansió dels diferents compartiments tumorals i en identificar les cèl·lules que en mantenen el creixement. També hem intentat elucidar quina és la cèl·lula d’origen de la metàstasi. Per a realitzar aquest projecte primer hem desenvolupat nous models per estudiar la malaltia humana, combinant el cultiu d’organoids derivats de pacients i l’edició genòmica mitjançant CRISPR/Cas9. Això ens ha permès visualitzar diferents tipus cel·lulars tumorals in vivo usant LGR5, KRT20 i EMP1 com a marcadors de cèl·lula mare, cèl·lula diferenciada i cèl·lula invasiva, respectivament. Addicionalment, també hem establert un sistema per seguir la progènie de les poblacions mencionades. Hem descobert que tant el compartiment de cèl·lules mare com el diferenciat són capaços de donar lloc a una progènie que persisteix en el temps, suggerint que ambdós tipus cel·lulars contribueixen al creixement tumoral. A més a més, hem observat plasticitat entre els dos compartiments, cosa que indica que la jerarquia cel·lular es perd durant el desenvolupament del tumor. Finalment, mitjançant l’ús d’EMP1 com a marcador de cèl·lules invasives hem identificat un subgrup de cèl·lules diferenciades amb propietats migratòries i amb potencial per reclutar cèl·lules mieloides. La nostra hipòtesi és que la població EMP1+ és la que dissemina del tumor primari i inicia la metàstasi. En resum , les nostres dades suposen una nova visió en l’estudi del mode de creixement del càncer de colon d’estadis avançats en humà, i suggereixen que els trets de cèl·lula mare no són necessaris per creixement tumoral ni la disseminació metastàtica, contràriament al que es pensava inicialment, degut als estudis realitzats en adenoma de ratolí.</dc:description>
  19. <dc:date>2019-09-25T10:26:20Z</dc:date>
  20. <dc:date>2020-04-24T02:00:10Z</dc:date>
  21. <dc:date>2019-04-25</dc:date>
  22. <dc:type>info:eu-repo/semantics/doctoralThesis</dc:type>
  23. <dc:type>info:eu-repo/semantics/publishedVersion</dc:type>
  24. <dc:identifier>http://hdl.handle.net/10803/667524</dc:identifier>
  25. <dc:language>eng</dc:language>
  26. <dc:rights>ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.</dc:rights>
  27. <dc:rights>info:eu-repo/semantics/openAccess</dc:rights>
  28. <dc:publisher>Universitat de Barcelona</dc:publisher>
  29. <dc:source>TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)</dc:source>
  </ow:Publication>
</rdf:RDF>

uketd_dc

Descargar XML

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>

<uketd_dc:uketddc schemaLocation="http://naca.central.cranfield.ac.uk/ethos-oai/2.0/ http://naca.central.cranfield.ac.uk/ethos-oai/2.0/uketd_dc.xsd">
1. <dc:title>A genome editing based approach to study tumor cell heterogeneity</dc:title>
2. <dc:creator>Turón Rodrigo, Gemma</dc:creator>
3. <dcterms:abstract>Colorectal tumors are not homogeneous entities but rather composed of a mixture of cells with different phenotypes, reminiscent of healthy intestinal epithelium cell types. Intestinal epithelium is one of the organs with highest self-renewal rate, maintained by a pool of highly proliferating stem cells located at the base of the crypts. Daughters of the stem cells abandon the crypts and differentiate as they move up the villi, in a process that takes no longer than six days. Recent findings suggest that colorectal cancers (CRCs), like normal intestine, rely on a stem cell hierarchy for its growth. Cancer stem cells, identified by LGR5 gene expression, are at the apex of this hierarchy, and are thought to be the drivers of CRC expansion and metastasis. This thesis is focused on characterizing the growth dynamics of the different tumor compartments and identifying the cells that fuel tumor growth. Moreover, we have also tried to elucidate which is the cell of origin of metastasis. To complete this project we have first developed new models to study human disease, as most of the previous work relied on genetically modified mouse models to reproduce the disease. Here, we have combined patient-derived organoid 3D cultures and CRISPR/Cas9 genome editing techniques to insert fluorescent reporter proteins under the control of our genes of interest. This has allowed us to visualize different tumor cell types in vivo using LGR5, KRT20 and EMP1 as markers for stemness, differentiation and invasion respectively. In addition, we have also set up a system to follow the progeny of the abovementioned populations in vivo in intact tumors. We have identified the different tumor compartments by subcutaneously injecting modified human organoids into immunosuppressed mice. Flow cytometry purification and reinjection into secondary hosts of stem-like and differentiated-like cells has enabled us to discover that cancer cells retaining stem cell characteristics are more proficient in tumor initiation than the rest of the tumor. Nevertheless, lineage tracing of the abovementioned genes in an intact tumor cell environment shows how both stem and differentiated progenies are able to give rise to long lasting clones and thus equally fuel tumor growth. Furthermore, we have observed plasticity arising from both cell types, indicative that the cellular hierarchy is disrupted during tumor progression. In addition, we have defined EMP1 as a putative gene marker for invasive cells. EMP1-High cells are a differentiated subset of tumor cells that harbor migratory properties and secrete myeloid recruiting chemokines to the tumor site. Myeloid cells have been shown to contribute to all steps of metastasis in several cancer types. We hypothesize that this EMP1+ subpopulation is the one that disseminates from the primary tumor and initiates metastasis. For metastatic studies, we have resorted to mouse derived tumor organoids that allow the growth of primary and metastatic disease in fully immunocompetent ice, and we have set up new models to study disease relapse in metastatic sites upon primary tumor removal Taken together, our data provides new insights on the mode of tumor growth in advanced human colorectal carcinomas and suggests that stem cell traits are not required for tumor growth neither metastatic spread, contrary to what was initially though based on mouse adenoma studies.</dcterms:abstract>
4. <dcterms:abstract>Els tumors colorectals no són una entitat homogènia sinó que estan formats per una barreja de cèl·lules de fenotips variats, reminiscents dels tipus cel·lulars de l’epiteli intestinal sa. Estudis recents suggereixen que el creixement del càncer colorectal (CCR), igual que el de l’intestí normal, està mediat per una jerarquia amb origen en cèl·lules mare. Les cèl·lules mare del càncer, identificades per l’expressió del gen LGR5, es troben a l’àpex de la jerarquia i impulsen l’expansió del CCR i la metàstasis. Aquesta tesi se centra en caracteritzar la dinàmica d’expansió dels diferents compartiments tumorals i en identificar les cèl·lules que en mantenen el creixement. També hem intentat elucidar quina és la cèl·lula d’origen de la metàstasi. Per a realitzar aquest projecte primer hem desenvolupat nous models per estudiar la malaltia humana, combinant el cultiu d’organoids derivats de pacients i l’edició genòmica mitjançant CRISPR/Cas9. Això ens ha permès visualitzar diferents tipus cel·lulars tumorals in vivo usant LGR5, KRT20 i EMP1 com a marcadors de cèl·lula mare, cèl·lula diferenciada i cèl·lula invasiva, respectivament. Addicionalment, també hem establert un sistema per seguir la progènie de les poblacions mencionades. Hem descobert que tant el compartiment de cèl·lules mare com el diferenciat són capaços de donar lloc a una progènie que persisteix en el temps, suggerint que ambdós tipus cel·lulars contribueixen al creixement tumoral. A més a més, hem observat plasticitat entre els dos compartiments, cosa que indica que la jerarquia cel·lular es perd durant el desenvolupament del tumor. Finalment, mitjançant l’ús d’EMP1 com a marcador de cèl·lules invasives hem identificat un subgrup de cèl·lules diferenciades amb propietats migratòries i amb potencial per reclutar cèl·lules mieloides. La nostra hipòtesi és que la població EMP1+ és la que dissemina del tumor primari i inicia la metàstasi. En resum , les nostres dades suposen una nova visió en l’estudi del mode de creixement del càncer de colon d’estadis avançats en humà, i suggereixen que els trets de cèl·lula mare no són necessaris per creixement tumoral ni la disseminació metastàtica, contràriament al que es pensava inicialment, degut als estudis realitzats en adenoma de ratolí.</dcterms:abstract>
5. <uketdterms:institution>Universitat de Barcelona</uketdterms:institution>
6. <dcterms:issued>2019-04-25</dcterms:issued>
7. <dc:type>info:eu-repo/semantics/doctoralThesis</dc:type>
8. <dc:type>info:eu-repo/semantics/publishedVersion</dc:type>
9. <dc:language type="dcterms:ISO639-2">eng</dc:language>
10. <dcterms:isReferencedBy>http://hdl.handle.net/10803/667524</dcterms:isReferencedBy>
11. <dc:identifier type="dcterms:URI">https://www.tdx.cat/bitstream/10803/667524/1/GTR_PhD_THESIS.pdf</dc:identifier>
12. <uketdterms:checksum type="uketdterms:MD5">fe690c9a94df8e395b8b49e1b6ddf165</uketdterms:checksum>
13. <uketdterms:embargodate>12 mesos</uketdterms:embargodate>
14. <dc:subject>Càncer colorectal</dc:subject>
15. <dc:subject>Cáncer colorrectal</dc:subject>
16. <dc:subject>Colorectal cancer</dc:subject>
17. <dc:subject>Genòmica</dc:subject>
18. <dc:subject>Genómica</dc:subject>
19. <dc:subject>Genomics</dc:subject>
20. <dc:subject>Cèl·lules mare</dc:subject>
21. <dc:subject>Células madre</dc:subject>
22. <dc:subject>Stem cells</dc:subject>
23. <dc:subject>Ciències Experimentals i Matemàtiques</dc:subject>
</uketd_dc:uketddc>

xoai

Descargar XML

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>

<metadata schemaLocation="http://www.lyncode.com/xoai http://www.lyncode.com/xsd/xoai.xsd">
1. <element name="dc">
  1. <element name="contributor">
    1. <element name="none">
      1. <field name="value">Universitat de Barcelona. Facultat de Biologia</field>
      </element>
    2. <element name="author">
      1. <element name="none">
        <field name="value">Turón Rodrigo, Gemma</field>
        </element>
      </element>
    3. <element name="authoremailshow">
      1. <element name="en_US">
        <field name="value">false</field>
        </element>
      </element>
    4. <element name="director">
      1. <element name="none">
        <field name="value">Batlle, Eduard</field>
        <field name="value">Cortina, Carme</field>
        </element>
      </element>
    5. <element name="tutor">
      1. <element name="none">
        <field name="value">Corominas, Montserrat (Corominas Guiu)</field>
        </element>
      </element>
    </element>
  2. <element name="date">
    1. <element name="accessioned">
      1. <element name="none">
        <field name="value">2019-09-25T10:26:20Z</field>
        </element>
      </element>
    2. <element name="available">
      1. <element name="none">
        <field name="value">2020-04-24T02:00:10Z</field>
        </element>
      </element>
    3. <element name="issued">
      1. <element name="none">
        <field name="value">2019-04-25</field>
        </element>
      </element>
    </element>
  3. <element name="identifier">
    1. <element name="uri">
      1. <element name="none">
        <field name="value">http://hdl.handle.net/10803/667524</field>
        </element>
      </element>
    </element>
  4. <element name="description">
    1. <element name="en_US">
      1. <field name="value">Tesi realitzada a l'Institut de Recerca Biomèdica de Barcelona (IRBB)</field>
      </element>
    2. <element name="abstract">
      1. <element name="en_US">
        <field name="value">Colorectal tumors are not homogeneous entities but rather composed of a mixture of cells with different phenotypes, reminiscent of healthy intestinal epithelium cell types. Intestinal epithelium is one of the organs with highest self-renewal rate, maintained by a pool of highly proliferating stem cells located at the base of the crypts. Daughters of the stem cells abandon the crypts and differentiate as they move up the villi, in a process that takes no longer than six days. Recent findings suggest that colorectal cancers (CRCs), like normal intestine, rely on a stem cell hierarchy for its growth. Cancer stem cells, identified by LGR5 gene expression, are at the apex of this hierarchy, and are thought to be the drivers of CRC expansion and metastasis. This thesis is focused on characterizing the growth dynamics of the different tumor compartments and identifying the cells that fuel tumor growth. Moreover, we have also tried to elucidate which is the cell of origin of metastasis. To complete this project we have first developed new models to study human disease, as most of the previous work relied on genetically modified mouse models to reproduce the disease. Here, we have combined patient-derived organoid 3D cultures and CRISPR/Cas9 genome editing techniques to insert fluorescent reporter proteins under the control of our genes of interest. This has allowed us to visualize different tumor cell types in vivo using LGR5, KRT20 and EMP1 as markers for stemness, differentiation and invasion respectively. In addition, we have also set up a system to follow the progeny of the abovementioned populations in vivo in intact tumors. We have identified the different tumor compartments by subcutaneously injecting modified human organoids into immunosuppressed mice. Flow cytometry purification and reinjection into secondary hosts of stem-like and differentiated-like cells has enabled us to discover that cancer cells retaining stem cell characteristics are more proficient in tumor initiation than the rest of the tumor. Nevertheless, lineage tracing of the abovementioned genes in an intact tumor cell environment shows how both stem and differentiated progenies are able to give rise to long lasting clones and thus equally fuel tumor growth. Furthermore, we have observed plasticity arising from both cell types, indicative that the cellular hierarchy is disrupted during tumor progression. In addition, we have defined EMP1 as a putative gene marker for invasive cells. EMP1-High cells are a differentiated subset of tumor cells that harbor migratory properties and secrete myeloid recruiting chemokines to the tumor site. Myeloid cells have been shown to contribute to all steps of metastasis in several cancer types. We hypothesize that this EMP1+ subpopulation is the one that disseminates from the primary tumor and initiates metastasis. For metastatic studies, we have resorted to mouse derived tumor organoids that allow the growth of primary and metastatic disease in fully immunocompetent ice, and we have set up new models to study disease relapse in metastatic sites upon primary tumor removal Taken together, our data provides new insights on the mode of tumor growth in advanced human colorectal carcinomas and suggests that stem cell traits are not required for tumor growth neither metastatic spread, contrary to what was initially though based on mouse adenoma studies.</field>
        <field name="value">Els tumors colorectals no són una entitat homogènia sinó que estan formats per una barreja de cèl·lules de fenotips variats, reminiscents dels tipus cel·lulars de l’epiteli intestinal sa. Estudis recents suggereixen que el creixement del càncer colorectal (CCR), igual que el de l’intestí normal, està mediat per una jerarquia amb origen en cèl·lules mare. Les cèl·lules mare del càncer, identificades per l’expressió del gen LGR5, es troben a l’àpex de la jerarquia i impulsen l’expansió del CCR i la metàstasis. Aquesta tesi se centra en caracteritzar la dinàmica d’expansió dels diferents compartiments tumorals i en identificar les cèl·lules que en mantenen el creixement. També hem intentat elucidar quina és la cèl·lula d’origen de la metàstasi. Per a realitzar aquest projecte primer hem desenvolupat nous models per estudiar la malaltia humana, combinant el cultiu d’organoids derivats de pacients i l’edició genòmica mitjançant CRISPR/Cas9. Això ens ha permès visualitzar diferents tipus cel·lulars tumorals in vivo usant LGR5, KRT20 i EMP1 com a marcadors de cèl·lula mare, cèl·lula diferenciada i cèl·lula invasiva, respectivament. Addicionalment, també hem establert un sistema per seguir la progènie de les poblacions mencionades. Hem descobert que tant el compartiment de cèl·lules mare com el diferenciat són capaços de donar lloc a una progènie que persisteix en el temps, suggerint que ambdós tipus cel·lulars contribueixen al creixement tumoral. A més a més, hem observat plasticitat entre els dos compartiments, cosa que indica que la jerarquia cel·lular es perd durant el desenvolupament del tumor. Finalment, mitjançant l’ús d’EMP1 com a marcador de cèl·lules invasives hem identificat un subgrup de cèl·lules diferenciades amb propietats migratòries i amb potencial per reclutar cèl·lules mieloides. La nostra hipòtesi és que la població EMP1+ és la que dissemina del tumor primari i inicia la metàstasi. En resum , les nostres dades suposen una nova visió en l’estudi del mode de creixement del càncer de colon d’estadis avançats en humà, i suggereixen que els trets de cèl·lula mare no són necessaris per creixement tumoral ni la disseminació metastàtica, contràriament al que es pensava inicialment, degut als estudis realitzats en adenoma de ratolí.</field>
        </element>
      </element>
    </element>
  5. <element name="format">
    1. <element name="extent">
      1. <element name="en_US">
        <field name="value">231 p.</field>
        </element>
      </element>
    2. <element name="mimetype">
      1. <element name="none">
        <field name="value">application/pdf</field>
        </element>
      </element>
    </element>
  6. <element name="language">
    1. <element name="iso">
      1. <element name="en_US">
        <field name="value">eng</field>
        </element>
      </element>
    </element>
  7. <element name="publisher">
    1. <element name="none">
      1. <field name="value">Universitat de Barcelona</field>
      </element>
    </element>
  8. <element name="rights">
    1. <element name="license">
      1. <element name="none">
        <field name="value">ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.</field>
        </element>
      </element>
    2. <element name="accessLevel">
      1. <element name="none">
        <field name="value">info:eu-repo/semantics/openAccess</field>
        </element>
      </element>
    </element>
  9. <element name="source">
    1. <element name="none">
      1. <field name="value">TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)</field>
      </element>
    </element>
  10. <element name="subject">
    1. <element name="en_US">
      1. <field name="value">Càncer colorectal</field>
      2. <field name="value">Cáncer colorrectal</field>
      3. <field name="value">Colorectal cancer</field>
      4. <field name="value">Genòmica</field>
      5. <field name="value">Genómica</field>
      6. <field name="value">Genomics</field>
      7. <field name="value">Cèl·lules mare</field>
      8. <field name="value">Células madre</field>
      9. <field name="value">Stem cells</field>
      </element>
    2. <element name="other">
      1. <element name="en_US">
        <field name="value">Ciències Experimentals i Matemàtiques</field>
        </element>
      </element>
    3. <element name="udc">
      1. <element name="en_US">
        <field name="value">577</field>
        </element>
      </element>
    </element>
  11. <element name="title">
    1. <element name="en_US">
      1. <field name="value">A genome editing based approach to study tumor cell heterogeneity</field>
      </element>
    </element>
  12. <element name="type">
    1. <element name="none">
      1. <field name="value">info:eu-repo/semantics/doctoralThesis</field>
      2. <field name="value">info:eu-repo/semantics/publishedVersion</field>
      </element>
    </element>
  13. <element name="embargo">
    1. <element name="terms">
      1. <element name="en_US">
        <field name="value">12 mesos</field>
        </element>
      </element>
    </element>
  </element>
2. <element name="bundles">
  1. <element name="bundle">
    1. <field name="name">ORIGINAL</field>
    2. <element name="bitstreams">
      1. <element name="bitstream">
        <field name="name">GTR_PhD_THESIS.pdf</field>
        <field name="originalName">GTR_PhD_THESIS.pdf</field>
        <field name="description" />
        <field name="format">application/pdf</field>
        <field name="size">8458642</field>
        <field name="url">https://www.tdx.cat/bitstream/10803/667524/1/GTR_PhD_THESIS.pdf</field>
        <field name="checksum">fe690c9a94df8e395b8b49e1b6ddf165</field>
        <field name="checksumAlgorithm">MD5</field>
        <field name="sid">1</field>
        <field name="drm">open access</field>
        </element>
      </element>
    </element>
  2. <element name="bundle">
    1. <field name="name">MEDIA_DOCUMENT</field>
    2. <element name="bitstreams">
      1. <element name="bitstream">
        <field name="name">GTR_PhD_THESIS.pdf.xml</field>
        <field name="originalName">GTR_PhD_THESIS.pdf.xml</field>
        <field name="description">Document Consulta</field>
        <field name="format">text/xml</field>
        <field name="size">105</field>
        <field name="url">https://www.tdx.cat/bitstream/10803/667524/2/GTR_PhD_THESIS.pdf.xml</field>
        <field name="checksum">8e026ba74b876d03feddee9b5c68f45f</field>
        <field name="checksumAlgorithm">MD5</field>
        <field name="sid">2</field>
        <field name="drm">open access</field>
        </element>
      </element>
    </element>
  </element>
3. <element name="others">
  1. <field name="handle">10803/667524</field>
  2. <field name="identifier">oai:www.tdx.cat:10803/667524</field>
  3. <field name="lastModifyDate">2020-04-24 04:00:10.301</field>
  4. <field name="drm">open access</field>
  </element>
4. <element name="repository">
  1. <field name="name">TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)</field>
  2. <field name="mail">pir@csuc.cat</field>
  </element>
</metadata>