<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>
<oai_dc:dc schemaLocation="http://www.openarchives.org/OAI/2.0/oai_dc/ http://www.openarchives.org/OAI/2.0/oai_dc.xsd">
<dc:title>A comprehensive functional study of Caenorhabditis elegans rsr-2 uncovers a new link between splicing and transcription</dc:title>
<dc:creator>Fontrodona Montals, Laura</dc:creator>
<dc:contributor>lfontrodona@gmail.com</dc:contributor>
<dc:contributor>true</dc:contributor>
<dc:contributor>Cerón Madrigal, Julián</dc:contributor>
<dc:contributor>true</dc:contributor>
<dc:contributor>Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia</dc:contributor>
<dc:subject>Caenorhabditis elegans</dc:subject>
<dc:subject>rsr-2</dc:subject>
<dc:subject>Splicing</dc:subject>
<dc:subject>Ciències Experimentals</dc:subject>
<dc:subject>575</dc:subject>
<dc:description>Durant el transcurs d’un rastreig a gran escala per RNA d’interferència (iARN) en Caenorhabditis elegans, el gen rsr-2 va ser identificat com a interactor genètic del gen lin-35 Retinoblastoma, l’homòleg de la família humana de Retinoblastoma. El gen rsr-2 és l’ortòleg de la proteina humana d’splicing SRm300/SRRM2. A diferència del seu ortòleg en llevat Cwc21, rsr-2 és essencial per la viabilitat. Degut a que la forta inactivació d’rsr-2 produeix uns fenotips molt severs, hem aprofitat l’efecte lleu que produeix l’ARN interferent a través de l’aliment per estudiar les funcions d’rsr-2 durant el desenvolupament. Els assatjos d’iARN d’rsr-2 juntament amb anàlisis d’epistàsia genètica situen rsr-2 en la via de la determinació sexual de la línia germinal. Tot i així, tiling arrays d’animals rsr-2(iARN) no han revelat defectes significatius en l’splicing. Gràcies a experiments d’immunofluorescència, hem observat que un anticòs específic per RSR-2 co-localitza amb cromatina en nuclis de cèl·lules de la línia germinal. Interessantment, experiments d’immunoprecipitació de cromatina i seqüenciació massiva (ChIP-Seq) han desvetllat que RSR-2 co-precipita cromatina seguint un patró similar al de l’ARN polimerassa II. Aquests experiments de ChIP-Seq també han fet palès que RSR-2 és reclutada a la cromatina d’un mode que és independent de l’splicing i suggereixen que RSR-2 podria desenvolupar un rol de regulador transcripcional. Addicionalment, hem explorat els transcriptomes d’animals rsr-2(iARN) i prp-8(iARN) en estadi de larva 3 (L3), fet que ens ha permès classificar rsr-2 com a un factor d’splicing no essencial. Conjuntament, el nostre estudi mostra que RSR-2 és una proteina multifuncional que regula el desenvolupament de Caenorhabditis elegans influenciant, i probablement acoblant, els processos d’splicing i transcripció.</dc:description>
<dc:description>During the course of a large scale interference RNA (RNAi) screen in Caenorhabditis elegans, rsr-2 was identified as a genetic interactor of lin-35 Rb, the homolog of human Retinoblastoma. The rsr-2 gene encodes the ortholog of the human spliceosomal protein SRm300/SRRM2. In contrast to its yeast ortholog Cwc21, rsr-2 is essential for viability. Since strong inactivation of rsr-2 produces severe phenotypes, we took advantage of the mild effect of RNAi by feeding to study functions of rsr-2 during development. rsr-2 RNAi assays and genetic epistasis analysis locate rsr-2 within the germ line sex determination pathway but tiling arrays of rsr-2(RNAi) animals do not disclose significant splicing defects. By inmunofluorescence, we observe that an antibody specific for RSR-2 co-localizes with chromatin in germ line nuclei. Interestingly, ChIP-Seq experiments reveal that RSR-2 co-precipitates chromatin in a pattern similar to that of RNA Polymerase II. These ChIP-Seq assays also evidenced a splicing-independent recruitment of RSR-2 to chromatin and suggest that RSR-2 could have a role in regulating transcription. Moreover, we have explored the transcriptomes of rsr-2(RNAi) and prp-8(RNAi) L3 worms by RNA-Seq, which classified rsr-2 as a non-essential splicing factor. Altogether, our study shows that RSR-2 is a multifunctional protein that regulates development by influencing, and probably coupling, splicing and transcription.</dc:description>
<dc:date>2013-07-11T07:20:22Z</dc:date>
<dc:date>2014-07-12T05:45:05Z</dc:date>
<dc:date>2012-07-13</dc:date>
<dc:type>info:eu-repo/semantics/doctoralThesis</dc:type>
<dc:type>info:eu-repo/semantics/publishedVersion</dc:type>
<dc:identifier>http://hdl.handle.net/10803/117661</dc:identifier>
<dc:language>eng</dc:language>
<dc:rights>ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.</dc:rights>
<dc:rights>info:eu-repo/semantics/openAccess</dc:rights>
<dc:format>182 p.</dc:format>
<dc:format>application/pdf</dc:format>
<dc:format>application/pdf</dc:format>
<dc:publisher>Universitat Autònoma de Barcelona</dc:publisher>
<dc:source>TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)</dc:source>
</oai_dc:dc>
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>
<dim:dim schemaLocation="http://www.dspace.org/xmlns/dspace/dim http://www.dspace.org/schema/dim.xsd">
<dim:field element="contributor" mdschema="dc">Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia</dim:field>
<dim:field element="contributor" mdschema="dc" qualifier="author">Fontrodona Montals, Laura</dim:field>
<dim:field element="contributor" lang="cat" mdschema="dc" qualifier="authoremail">lfontrodona@gmail.com</dim:field>
<dim:field element="contributor" lang="cat" mdschema="dc" qualifier="authoremailshow">true</dim:field>
<dim:field element="contributor" mdschema="dc" qualifier="director">Cerón Madrigal, Julián</dim:field>
<dim:field element="contributor" lang="cat" mdschema="dc" qualifier="authorsendemail">true</dim:field>
<dim:field element="date" mdschema="dc" qualifier="accessioned">2013-07-11T07:20:22Z</dim:field>
<dim:field element="date" mdschema="dc" qualifier="available">2014-07-12T05:45:05Z</dim:field>
<dim:field element="date" mdschema="dc" qualifier="issued">2012-07-13</dim:field>
<dim:field element="identifier" mdschema="dc" qualifier="uri">http://hdl.handle.net/10803/117661</dim:field>
<dim:field element="description" lang="cat" mdschema="dc" qualifier="abstract">Durant el transcurs d’un rastreig a gran escala per RNA d’interferència (iARN) en Caenorhabditis elegans, el gen rsr-2 va ser identificat com a interactor genètic del gen lin-35 Retinoblastoma, l’homòleg de la família humana de Retinoblastoma. El gen rsr-2 és l’ortòleg de la proteina humana d’splicing SRm300/SRRM2. A diferència del seu ortòleg en llevat Cwc21, rsr-2 és essencial per la viabilitat. Degut a que la forta inactivació d’rsr-2 produeix uns fenotips molt severs, hem aprofitat l’efecte lleu que produeix l’ARN interferent a través de l’aliment per estudiar les funcions d’rsr-2 durant el desenvolupament. Els assatjos d’iARN d’rsr-2 juntament amb anàlisis d’epistàsia genètica situen rsr-2 en la via de la determinació sexual de la línia germinal. Tot i així, tiling arrays d’animals rsr-2(iARN) no han revelat defectes significatius en l’splicing. Gràcies a experiments d’immunofluorescència, hem observat que un anticòs específic per RSR-2 co-localitza amb cromatina en nuclis de cèl·lules de la línia germinal. Interessantment, experiments d’immunoprecipitació de cromatina i seqüenciació massiva (ChIP-Seq) han desvetllat que RSR-2 co-precipita cromatina seguint un patró similar al de l’ARN polimerassa II. Aquests experiments de ChIP-Seq també han fet palès que RSR-2 és reclutada a la cromatina d’un mode que és independent de l’splicing i suggereixen que RSR-2 podria desenvolupar un rol de regulador transcripcional. Addicionalment, hem explorat els transcriptomes d’animals rsr-2(iARN) i prp-8(iARN) en estadi de larva 3 (L3), fet que ens ha permès classificar rsr-2 com a un factor d’splicing no essencial. Conjuntament, el nostre estudi mostra que RSR-2 és una proteina multifuncional que regula el desenvolupament de Caenorhabditis elegans influenciant, i probablement acoblant, els processos d’splicing i transcripció.</dim:field>
<dim:field element="description" lang="eng" mdschema="dc" qualifier="abstract">During the course of a large scale interference RNA (RNAi) screen in Caenorhabditis elegans, rsr-2 was identified as a genetic interactor of lin-35 Rb, the homolog of human Retinoblastoma. The rsr-2 gene encodes the ortholog of the human spliceosomal protein SRm300/SRRM2. In contrast to its yeast ortholog Cwc21, rsr-2 is essential for viability. Since strong inactivation of rsr-2 produces severe phenotypes, we took advantage of the mild effect of RNAi by feeding to study functions of rsr-2 during development. rsr-2 RNAi assays and genetic epistasis analysis locate rsr-2 within the germ line sex determination pathway but tiling arrays of rsr-2(RNAi) animals do not disclose significant splicing defects. By inmunofluorescence, we observe that an antibody specific for RSR-2 co-localizes with chromatin in germ line nuclei. Interestingly, ChIP-Seq experiments reveal that RSR-2 co-precipitates chromatin in a pattern similar to that of RNA Polymerase II. These ChIP-Seq assays also evidenced a splicing-independent recruitment of RSR-2 to chromatin and suggest that RSR-2 could have a role in regulating transcription. Moreover, we have explored the transcriptomes of rsr-2(RNAi) and prp-8(RNAi) L3 worms by RNA-Seq, which classified rsr-2 as a non-essential splicing factor. Altogether, our study shows that RSR-2 is a multifunctional protein that regulates development by influencing, and probably coupling, splicing and transcription.</dim:field>
<dim:field element="format" lang="cat" mdschema="dc" qualifier="extent">182 p.</dim:field>
<dim:field element="format" mdschema="dc" qualifier="mimetype">application/pdf</dim:field>
<dim:field element="language" lang="cat" mdschema="dc" qualifier="iso">eng</dim:field>
<dim:field element="publisher" mdschema="dc">Universitat Autònoma de Barcelona</dim:field>
<dim:field element="rights" mdschema="dc" qualifier="license">ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.</dim:field>
<dim:field element="rights" mdschema="dc" qualifier="accessLevel">info:eu-repo/semantics/openAccess</dim:field>
<dim:field element="source" mdschema="dc">TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)</dim:field>
<dim:field element="subject" lang="cat" mdschema="dc">Caenorhabditis elegans</dim:field>
<dim:field element="subject" lang="cat" mdschema="dc">rsr-2</dim:field>
<dim:field element="subject" lang="cat" mdschema="dc">Splicing</dim:field>
<dim:field element="subject" lang="cat" mdschema="dc" qualifier="other">Ciències Experimentals</dim:field>
<dim:field element="subject" lang="cat" mdschema="dc" qualifier="udc">575</dim:field>
<dim:field element="title" lang="cat" mdschema="dc">A comprehensive functional study of Caenorhabditis elegans rsr-2 uncovers a new link between splicing and transcription</dim:field>
<dim:field element="type" mdschema="dc">info:eu-repo/semantics/doctoralThesis</dim:field>
<dim:field element="type" mdschema="dc">info:eu-repo/semantics/publishedVersion</dim:field>
<dim:field element="embargo" lang="cat" mdschema="dc" qualifier="terms">12 mesos</dim:field>
</dim:dim>
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>
<thesis schemaLocation="http://www.ndltd.org/standards/metadata/etdms/1.0/ http://www.ndltd.org/standards/metadata/etdms/1.0/etdms.xsd">
<title>A comprehensive functional study of Caenorhabditis elegans rsr-2 uncovers a new link between splicing and transcription</title>
<creator>Fontrodona Montals, Laura</creator>
<contributor>lfontrodona@gmail.com</contributor>
<contributor>true</contributor>
<contributor>Cerón Madrigal, Julián</contributor>
<contributor>true</contributor>
<subject>Caenorhabditis elegans</subject>
<subject>rsr-2</subject>
<subject>Splicing</subject>
<description>Durant el transcurs d’un rastreig a gran escala per RNA d’interferència (iARN) en Caenorhabditis elegans, el gen rsr-2 va ser identificat com a interactor genètic del gen lin-35 Retinoblastoma, l’homòleg de la família humana de Retinoblastoma. El gen rsr-2 és l’ortòleg de la proteina humana d’splicing SRm300/SRRM2. A diferència del seu ortòleg en llevat Cwc21, rsr-2 és essencial per la viabilitat. Degut a que la forta inactivació d’rsr-2 produeix uns fenotips molt severs, hem aprofitat l’efecte lleu que produeix l’ARN interferent a través de l’aliment per estudiar les funcions d’rsr-2 durant el desenvolupament. Els assatjos d’iARN d’rsr-2 juntament amb anàlisis d’epistàsia genètica situen rsr-2 en la via de la determinació sexual de la línia germinal. Tot i així, tiling arrays d’animals rsr-2(iARN) no han revelat defectes significatius en l’splicing. Gràcies a experiments d’immunofluorescència, hem observat que un anticòs específic per RSR-2 co-localitza amb cromatina en nuclis de cèl·lules de la línia germinal. Interessantment, experiments d’immunoprecipitació de cromatina i seqüenciació massiva (ChIP-Seq) han desvetllat que RSR-2 co-precipita cromatina seguint un patró similar al de l’ARN polimerassa II. Aquests experiments de ChIP-Seq també han fet palès que RSR-2 és reclutada a la cromatina d’un mode que és independent de l’splicing i suggereixen que RSR-2 podria desenvolupar un rol de regulador transcripcional. Addicionalment, hem explorat els transcriptomes d’animals rsr-2(iARN) i prp-8(iARN) en estadi de larva 3 (L3), fet que ens ha permès classificar rsr-2 com a un factor d’splicing no essencial. Conjuntament, el nostre estudi mostra que RSR-2 és una proteina multifuncional que regula el desenvolupament de Caenorhabditis elegans influenciant, i probablement acoblant, els processos d’splicing i transcripció.</description>
<description>During the course of a large scale interference RNA (RNAi) screen in Caenorhabditis elegans, rsr-2 was identified as a genetic interactor of lin-35 Rb, the homolog of human Retinoblastoma. The rsr-2 gene encodes the ortholog of the human spliceosomal protein SRm300/SRRM2. In contrast to its yeast ortholog Cwc21, rsr-2 is essential for viability. Since strong inactivation of rsr-2 produces severe phenotypes, we took advantage of the mild effect of RNAi by feeding to study functions of rsr-2 during development. rsr-2 RNAi assays and genetic epistasis analysis locate rsr-2 within the germ line sex determination pathway but tiling arrays of rsr-2(RNAi) animals do not disclose significant splicing defects. By inmunofluorescence, we observe that an antibody specific for RSR-2 co-localizes with chromatin in germ line nuclei. Interestingly, ChIP-Seq experiments reveal that RSR-2 co-precipitates chromatin in a pattern similar to that of RNA Polymerase II. These ChIP-Seq assays also evidenced a splicing-independent recruitment of RSR-2 to chromatin and suggest that RSR-2 could have a role in regulating transcription. Moreover, we have explored the transcriptomes of rsr-2(RNAi) and prp-8(RNAi) L3 worms by RNA-Seq, which classified rsr-2 as a non-essential splicing factor. Altogether, our study shows that RSR-2 is a multifunctional protein that regulates development by influencing, and probably coupling, splicing and transcription.</description>
<date>2013-07-11</date>
<date>2014-07-12</date>
<date>2012-07-13</date>
<type>info:eu-repo/semantics/doctoralThesis</type>
<type>info:eu-repo/semantics/publishedVersion</type>
<identifier>http://hdl.handle.net/10803/117661</identifier>
<language>eng</language>
<rights>ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.</rights>
<rights>info:eu-repo/semantics/openAccess</rights>
<publisher>Universitat Autònoma de Barcelona</publisher>
<source>TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)</source>
</thesis>
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>
<record schemaLocation="http://www.loc.gov/MARC21/slim http://www.loc.gov/standards/marcxml/schema/MARC21slim.xsd">
<leader>00925njm 22002777a 4500</leader>
<datafield ind1=" " ind2=" " tag="042">
<subfield code="a">dc</subfield>
</datafield>
<datafield ind1=" " ind2=" " tag="720">
<subfield code="a">Fontrodona Montals, Laura</subfield>
<subfield code="e">author</subfield>
</datafield>
<datafield ind1=" " ind2=" " tag="260">
<subfield code="c">2012-07-13</subfield>
</datafield>
<datafield ind1=" " ind2=" " tag="520">
<subfield code="a">Durant el transcurs d’un rastreig a gran escala per RNA d’interferència (iARN) en Caenorhabditis elegans, el gen rsr-2 va ser identificat com a interactor genètic del gen lin-35 Retinoblastoma, l’homòleg de la família humana de Retinoblastoma. El gen rsr-2 és l’ortòleg de la proteina humana d’splicing SRm300/SRRM2. A diferència del seu ortòleg en llevat Cwc21, rsr-2 és essencial per la viabilitat. Degut a que la forta inactivació d’rsr-2 produeix uns fenotips molt severs, hem aprofitat l’efecte lleu que produeix l’ARN interferent a través de l’aliment per estudiar les funcions d’rsr-2 durant el desenvolupament. Els assatjos d’iARN d’rsr-2 juntament amb anàlisis d’epistàsia genètica situen rsr-2 en la via de la determinació sexual de la línia germinal. Tot i així, tiling arrays d’animals rsr-2(iARN) no han revelat defectes significatius en l’splicing. Gràcies a experiments d’immunofluorescència, hem observat que un anticòs específic per RSR-2 co-localitza amb cromatina en nuclis de cèl·lules de la línia germinal. Interessantment, experiments d’immunoprecipitació de cromatina i seqüenciació massiva (ChIP-Seq) han desvetllat que RSR-2 co-precipita cromatina seguint un patró similar al de l’ARN polimerassa II. Aquests experiments de ChIP-Seq també han fet palès que RSR-2 és reclutada a la cromatina d’un mode que és independent de l’splicing i suggereixen que RSR-2 podria desenvolupar un rol de regulador transcripcional. Addicionalment, hem explorat els transcriptomes d’animals rsr-2(iARN) i prp-8(iARN) en estadi de larva 3 (L3), fet que ens ha permès classificar rsr-2 com a un factor d’splicing no essencial. Conjuntament, el nostre estudi mostra que RSR-2 és una proteina multifuncional que regula el desenvolupament de Caenorhabditis elegans influenciant, i probablement acoblant, els processos d’splicing i transcripció.</subfield>
</datafield>
<datafield ind1=" " ind2=" " tag="520">
<subfield code="a">During the course of a large scale interference RNA (RNAi) screen in Caenorhabditis elegans, rsr-2 was identified as a genetic interactor of lin-35 Rb, the homolog of human Retinoblastoma. The rsr-2 gene encodes the ortholog of the human spliceosomal protein SRm300/SRRM2. In contrast to its yeast ortholog Cwc21, rsr-2 is essential for viability. Since strong inactivation of rsr-2 produces severe phenotypes, we took advantage of the mild effect of RNAi by feeding to study functions of rsr-2 during development. rsr-2 RNAi assays and genetic epistasis analysis locate rsr-2 within the germ line sex determination pathway but tiling arrays of rsr-2(RNAi) animals do not disclose significant splicing defects. By inmunofluorescence, we observe that an antibody specific for RSR-2 co-localizes with chromatin in germ line nuclei. Interestingly, ChIP-Seq experiments reveal that RSR-2 co-precipitates chromatin in a pattern similar to that of RNA Polymerase II. These ChIP-Seq assays also evidenced a splicing-independent recruitment of RSR-2 to chromatin and suggest that RSR-2 could have a role in regulating transcription. Moreover, we have explored the transcriptomes of rsr-2(RNAi) and prp-8(RNAi) L3 worms by RNA-Seq, which classified rsr-2 as a non-essential splicing factor. Altogether, our study shows that RSR-2 is a multifunctional protein that regulates development by influencing, and probably coupling, splicing and transcription.</subfield>
</datafield>
<datafield ind1="8" ind2=" " tag="024">
<subfield code="a">http://hdl.handle.net/10803/117661</subfield>
</datafield>
<datafield ind1=" " ind2=" " tag="653">
<subfield code="a">Caenorhabditis elegans</subfield>
</datafield>
<datafield ind1=" " ind2=" " tag="653">
<subfield code="a">rsr-2</subfield>
</datafield>
<datafield ind1=" " ind2=" " tag="653">
<subfield code="a">Splicing</subfield>
</datafield>
<datafield ind1="0" ind2="0" tag="245">
<subfield code="a">A comprehensive functional study of Caenorhabditis elegans rsr-2 uncovers a new link between splicing and transcription</subfield>
</datafield>
</record>
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>
<record schemaLocation="http://www.loc.gov/MARC21/slim http://www.loc.gov/standards/marcxml/schema/MARC21slim.xsd">
<leader>nam a 5i 4500</leader>
<datafield ind1=" " ind2=" " tag="653">
<subfield code="a">Caenorhabditis elegans</subfield>
</datafield>
<datafield ind1=" " ind2=" " tag="653">
<subfield code="a">rsr-2</subfield>
</datafield>
<datafield ind1=" " ind2=" " tag="653">
<subfield code="a">Splicing</subfield>
</datafield>
<datafield ind1="1" ind2="0" tag="245">
<subfield code="a">A comprehensive functional study of Caenorhabditis elegans rsr-2 uncovers a new link between splicing and transcription</subfield>
</datafield>
<datafield ind1=" " ind2="1" tag="264">
<subfield code="a">[Barcelona] :</subfield>
<subfield code="b">Universitat Autònoma de Barcelona,</subfield>
<subfield code="c">2013</subfield>
</datafield>
<datafield ind1="4" ind2="0" tag="856">
<subfield code="z">Accés lliure</subfield>
<subfield code="u">http://hdl.handle.net/10803/117661</subfield>
</datafield>
<controlfield tag="007">cr |||||||||||</controlfield>
<controlfield tag="008">AAMMDDs2013 sp ||||fsm||||0|| 0 eng|c</controlfield>
<datafield ind1="1" ind2=" " tag="100">
<subfield code="a">Fontrodona Montals, Laura,</subfield>
<subfield code="e">autor</subfield>
</datafield>
<datafield ind1=" " ind2=" " tag="300">
<subfield code="a">1 recurs en línia (182 pàgines)</subfield>
</datafield>
<datafield ind1=" " ind2=" " tag="502">
<subfield code="g">Tesi</subfield>
<subfield code="b">Doctorat</subfield>
<subfield code="c">Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia</subfield>
<subfield code="d">2012</subfield>
</datafield>
<datafield ind1="2" ind2=" " tag="710">
<subfield code="a">Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia</subfield>
</datafield>
<datafield ind1=" " ind2="4" tag="655">
<subfield code="a">Tesis i dissertacions electròniques</subfield>
</datafield>
<datafield ind1="1" ind2=" " tag="700">
<subfield code="a">Cerón Madrigal, Julián,</subfield>
<subfield code="e">supervisor acadèmic</subfield>
</datafield>
<datafield ind1="0" ind2=" " tag="730">
<subfield code="a">TDX</subfield>
</datafield>
<datafield ind1=" " ind2=" " tag="520">
<subfield code="a">Durant el transcurs d’un rastreig a gran escala per RNA d’interferència (iARN) en Caenorhabditis elegans, el gen rsr-2 va ser identificat com a interactor genètic del gen lin-35 Retinoblastoma, l’homòleg de la família humana de Retinoblastoma. El gen rsr-2 és l’ortòleg de la proteina humana d’splicing SRm300/SRRM2. A diferència del seu ortòleg en llevat Cwc21, rsr-2 és essencial per la viabilitat. Degut a que la forta inactivació d’rsr-2 produeix uns fenotips molt severs, hem aprofitat l’efecte lleu que produeix l’ARN interferent a través de l’aliment per estudiar les funcions d’rsr-2 durant el desenvolupament. Els assatjos d’iARN d’rsr-2 juntament amb anàlisis d’epistàsia genètica situen rsr-2 en la via de la determinació sexual de la línia germinal. Tot i així, tiling arrays d’animals rsr-2(iARN) no han revelat defectes significatius en l’splicing. Gràcies a experiments d’immunofluorescència, hem observat que un anticòs específic per RSR-2 co-localitza amb cromatina en nuclis de cèl·lules de la línia germinal. Interessantment, experiments d’immunoprecipitació de cromatina i seqüenciació massiva (ChIP-Seq) han desvetllat que RSR-2 co-precipita cromatina seguint un patró similar al de l’ARN polimerassa II. Aquests experiments de ChIP-Seq també han fet palès que RSR-2 és reclutada a la cromatina d’un mode que és independent de l’splicing i suggereixen que RSR-2 podria desenvolupar un rol de regulador transcripcional. Addicionalment, hem explorat els transcriptomes d’animals rsr-2(iARN) i prp-8(iARN) en estadi de larva 3 (L3), fet que ens ha permès classificar rsr-2 com a un factor d’splicing no essencial. Conjuntament, el nostre estudi mostra que RSR-2 és una proteina multifuncional que regula el desenvolupament de Caenorhabditis elegans influenciant, i probablement acoblant, els processos d’splicing i transcripció.</subfield>
</datafield>
<datafield ind1=" " ind2=" " tag="998">
<subfield code="a">a</subfield>
</datafield>
<datafield ind1=" " ind2=" " tag="040">
<subfield code="a">ES-BaCBU</subfield>
<subfield code="b">cat</subfield>
<subfield code="e">rda</subfield>
<subfield code="c">ES-BaCBU</subfield>
</datafield>
<datafield ind1=" " ind2=" " tag="336">
<subfield code="a">text</subfield>
<subfield code="b">txt</subfield>
<subfield code="2">rdacontent</subfield>
</datafield>
<datafield ind1=" " ind2=" " tag="337">
<subfield code="a">informàtic</subfield>
<subfield code="b">c</subfield>
<subfield code="2">rdamedia</subfield>
</datafield>
<datafield ind1=" " ind2=" " tag="338">
<subfield code="a">recurs en línia</subfield>
<subfield code="b">cr</subfield>
<subfield code="2">rdacarrier</subfield>
</datafield>
</record>
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>
<mets ID=" DSpace_ITEM_10803-117661" OBJID=" hdl:10803/117661" PROFILE="DSpace METS SIP Profile 1.0" TYPE="DSpace ITEM" schemaLocation="http://www.loc.gov/METS/ http://www.loc.gov/standards/mets/mets.xsd">
<metsHdr CREATEDATE="2023-01-19T21:16:37Z">
<agent ROLE="CUSTODIAN" TYPE="ORGANIZATION">
<name>TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)</name>
</agent>
</metsHdr>
<dmdSec ID="DMD_10803_117661">
<mdWrap MDTYPE="MODS">
<xmlData schemaLocation="http://www.loc.gov/mods/v3 http://www.loc.gov/standards/mods/v3/mods-3-1.xsd">
<mods:mods schemaLocation="http://www.loc.gov/mods/v3 http://www.loc.gov/standards/mods/v3/mods-3-1.xsd">
<mods:name>
<mods:role>
<mods:roleTerm type="text">author</mods:roleTerm>
</mods:role>
<mods:namePart>Fontrodona Montals, Laura</mods:namePart>
</mods:name>
<mods:name>
<mods:role>
<mods:roleTerm type="text">authoremail</mods:roleTerm>
</mods:role>
<mods:namePart>lfontrodona@gmail.com</mods:namePart>
</mods:name>
<mods:name>
<mods:role>
<mods:roleTerm type="text">authoremailshow</mods:roleTerm>
</mods:role>
<mods:namePart>true</mods:namePart>
</mods:name>
<mods:name>
<mods:role>
<mods:roleTerm type="text">director</mods:roleTerm>
</mods:role>
<mods:namePart>Cerón Madrigal, Julián</mods:namePart>
</mods:name>
<mods:name>
<mods:role>
<mods:roleTerm type="text">authorsendemail</mods:roleTerm>
</mods:role>
<mods:namePart>true</mods:namePart>
</mods:name>
<mods:extension>
<mods:dateAccessioned encoding="iso8601">2013-07-11T07:20:22Z</mods:dateAccessioned>
</mods:extension>
<mods:extension>
<mods:dateAvailable encoding="iso8601">2014-07-12T05:45:05Z</mods:dateAvailable>
</mods:extension>
<mods:originInfo>
<mods:dateIssued encoding="iso8601">2012-07-13</mods:dateIssued>
</mods:originInfo>
<mods:identifier type="uri">http://hdl.handle.net/10803/117661</mods:identifier>
<mods:abstract>Durant el transcurs d’un rastreig a gran escala per RNA d’interferència (iARN) en Caenorhabditis elegans, el gen rsr-2 va ser identificat com a interactor genètic del gen lin-35 Retinoblastoma, l’homòleg de la família humana de Retinoblastoma. El gen rsr-2 és l’ortòleg de la proteina humana d’splicing SRm300/SRRM2. A diferència del seu ortòleg en llevat Cwc21, rsr-2 és essencial per la viabilitat. Degut a que la forta inactivació d’rsr-2 produeix uns fenotips molt severs, hem aprofitat l’efecte lleu que produeix l’ARN interferent a través de l’aliment per estudiar les funcions d’rsr-2 durant el desenvolupament. Els assatjos d’iARN d’rsr-2 juntament amb anàlisis d’epistàsia genètica situen rsr-2 en la via de la determinació sexual de la línia germinal. Tot i així, tiling arrays d’animals rsr-2(iARN) no han revelat defectes significatius en l’splicing. Gràcies a experiments d’immunofluorescència, hem observat que un anticòs específic per RSR-2 co-localitza amb cromatina en nuclis de cèl·lules de la línia germinal. Interessantment, experiments d’immunoprecipitació de cromatina i seqüenciació massiva (ChIP-Seq) han desvetllat que RSR-2 co-precipita cromatina seguint un patró similar al de l’ARN polimerassa II. Aquests experiments de ChIP-Seq també han fet palès que RSR-2 és reclutada a la cromatina d’un mode que és independent de l’splicing i suggereixen que RSR-2 podria desenvolupar un rol de regulador transcripcional. Addicionalment, hem explorat els transcriptomes d’animals rsr-2(iARN) i prp-8(iARN) en estadi de larva 3 (L3), fet que ens ha permès classificar rsr-2 com a un factor d’splicing no essencial. Conjuntament, el nostre estudi mostra que RSR-2 és una proteina multifuncional que regula el desenvolupament de Caenorhabditis elegans influenciant, i probablement acoblant, els processos d’splicing i transcripció.</mods:abstract>
<mods:abstract>During the course of a large scale interference RNA (RNAi) screen in Caenorhabditis elegans, rsr-2 was identified as a genetic interactor of lin-35 Rb, the homolog of human Retinoblastoma. The rsr-2 gene encodes the ortholog of the human spliceosomal protein SRm300/SRRM2. In contrast to its yeast ortholog Cwc21, rsr-2 is essential for viability. Since strong inactivation of rsr-2 produces severe phenotypes, we took advantage of the mild effect of RNAi by feeding to study functions of rsr-2 during development. rsr-2 RNAi assays and genetic epistasis analysis locate rsr-2 within the germ line sex determination pathway but tiling arrays of rsr-2(RNAi) animals do not disclose significant splicing defects. By inmunofluorescence, we observe that an antibody specific for RSR-2 co-localizes with chromatin in germ line nuclei. Interestingly, ChIP-Seq experiments reveal that RSR-2 co-precipitates chromatin in a pattern similar to that of RNA Polymerase II. These ChIP-Seq assays also evidenced a splicing-independent recruitment of RSR-2 to chromatin and suggest that RSR-2 could have a role in regulating transcription. Moreover, we have explored the transcriptomes of rsr-2(RNAi) and prp-8(RNAi) L3 worms by RNA-Seq, which classified rsr-2 as a non-essential splicing factor. Altogether, our study shows that RSR-2 is a multifunctional protein that regulates development by influencing, and probably coupling, splicing and transcription.</mods:abstract>
<mods:language>
<mods:languageTerm authority="rfc3066">eng</mods:languageTerm>
</mods:language>
<mods:subject>
<mods:topic>Caenorhabditis elegans</mods:topic>
</mods:subject>
<mods:subject>
<mods:topic>rsr-2</mods:topic>
</mods:subject>
<mods:subject>
<mods:topic>Splicing</mods:topic>
</mods:subject>
<mods:titleInfo>
<mods:title>A comprehensive functional study of Caenorhabditis elegans rsr-2 uncovers a new link between splicing and transcription</mods:title>
</mods:titleInfo>
<mods:genre>info:eu-repo/semantics/doctoralThesis info:eu-repo/semantics/publishedVersion</mods:genre>
</mods:mods>
</xmlData>
</mdWrap>
</dmdSec>
<amdSec ID="FO_10803_117661_1">
<techMD ID="TECH_O_10803_117661_1">
<mdWrap MDTYPE="PREMIS">
<xmlData schemaLocation="http://www.loc.gov/standards/premis http://www.loc.gov/standards/premis/PREMIS-v1-0.xsd">
<premis:premis>
<premis:object>
<premis:objectIdentifier>
<premis:objectIdentifierType>URL</premis:objectIdentifierType>
<premis:objectIdentifierValue>https://www.tdx.cat/bitstream/10803/117661/1/lfm1de1.pdf</premis:objectIdentifierValue>
</premis:objectIdentifier>
<premis:objectCategory>File</premis:objectCategory>
<premis:objectCharacteristics>
<premis:fixity>
<premis:messageDigestAlgorithm>MD5</premis:messageDigestAlgorithm>
<premis:messageDigest>54c6408b9c49836c437b3cd4e7082ba7</premis:messageDigest>
</premis:fixity>
<premis:size>5413043</premis:size>
<premis:format>
<premis:formatDesignation>
<premis:formatName>application/pdf</premis:formatName>
</premis:formatDesignation>
</premis:format>
</premis:objectCharacteristics>
<premis:originalName>lfm1de1.pdf</premis:originalName>
</premis:object>
</premis:premis>
</xmlData>
</mdWrap>
</techMD>
</amdSec>
<amdSec ID="FT_10803_117661_2">
<techMD ID="TECH_T_10803_117661_2">
<mdWrap MDTYPE="PREMIS">
<xmlData schemaLocation="http://www.loc.gov/standards/premis http://www.loc.gov/standards/premis/PREMIS-v1-0.xsd">
<premis:premis>
<premis:object>
<premis:objectIdentifier>
<premis:objectIdentifierType>URL</premis:objectIdentifierType>
<premis:objectIdentifierValue>https://www.tdx.cat/bitstream/10803/117661/2/lfm1de1.pdf.txt</premis:objectIdentifierValue>
</premis:objectIdentifier>
<premis:objectCategory>File</premis:objectCategory>
<premis:objectCharacteristics>
<premis:fixity>
<premis:messageDigestAlgorithm>MD5</premis:messageDigestAlgorithm>
<premis:messageDigest>032ab5600b705331ac56c1e57701edf7</premis:messageDigest>
</premis:fixity>
<premis:size>473301</premis:size>
<premis:format>
<premis:formatDesignation>
<premis:formatName>text/plain</premis:formatName>
</premis:formatDesignation>
</premis:format>
</premis:objectCharacteristics>
<premis:originalName>lfm1de1.pdf.txt</premis:originalName>
</premis:object>
</premis:premis>
</xmlData>
</mdWrap>
</techMD>
</amdSec>
<fileSec>
<fileGrp USE="ORIGINAL">
<file ADMID="FO_10803_117661_1" CHECKSUM="54c6408b9c49836c437b3cd4e7082ba7" CHECKSUMTYPE="MD5" GROUPID="GROUP_BITSTREAM_10803_117661_1" ID="BITSTREAM_ORIGINAL_10803_117661_1" MIMETYPE="application/pdf" SEQ="1" SIZE="5413043">
</file>
</fileGrp>
<fileGrp USE="TEXT">
<file ADMID="FT_10803_117661_2" CHECKSUM="032ab5600b705331ac56c1e57701edf7" CHECKSUMTYPE="MD5" GROUPID="GROUP_BITSTREAM_10803_117661_2" ID="BITSTREAM_TEXT_10803_117661_2" MIMETYPE="text/plain" SEQ="2" SIZE="473301">
</file>
</fileGrp>
</fileSec>
<structMap LABEL="DSpace Object" TYPE="LOGICAL">
<div ADMID="DMD_10803_117661" TYPE="DSpace Object Contents">
<div TYPE="DSpace BITSTREAM">
</div>
</div>
</structMap>
</mets>
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>
<mods:mods schemaLocation="http://www.loc.gov/mods/v3 http://www.loc.gov/standards/mods/v3/mods-3-1.xsd">
<mods:name>
<mods:namePart>Fontrodona Montals, Laura</mods:namePart>
</mods:name>
<mods:extension>
<mods:dateAvailable encoding="iso8601">2013-07-11T07:20:22Z</mods:dateAvailable>
</mods:extension>
<mods:extension>
<mods:dateAccessioned encoding="iso8601">2014-07-12T05:45:05Z</mods:dateAccessioned>
</mods:extension>
<mods:originInfo>
<mods:dateIssued encoding="iso8601">2012-07-13</mods:dateIssued>
</mods:originInfo>
<mods:identifier type="uri">http://hdl.handle.net/10803/117661</mods:identifier>
<mods:abstract>Durant el transcurs d’un rastreig a gran escala per RNA d’interferència (iARN) en Caenorhabditis elegans, el gen rsr-2 va ser identificat com a interactor genètic del gen lin-35 Retinoblastoma, l’homòleg de la família humana de Retinoblastoma. El gen rsr-2 és l’ortòleg de la proteina humana d’splicing SRm300/SRRM2. A diferència del seu ortòleg en llevat Cwc21, rsr-2 és essencial per la viabilitat. Degut a que la forta inactivació d’rsr-2 produeix uns fenotips molt severs, hem aprofitat l’efecte lleu que produeix l’ARN interferent a través de l’aliment per estudiar les funcions d’rsr-2 durant el desenvolupament. Els assatjos d’iARN d’rsr-2 juntament amb anàlisis d’epistàsia genètica situen rsr-2 en la via de la determinació sexual de la línia germinal. Tot i així, tiling arrays d’animals rsr-2(iARN) no han revelat defectes significatius en l’splicing. Gràcies a experiments d’immunofluorescència, hem observat que un anticòs específic per RSR-2 co-localitza amb cromatina en nuclis de cèl·lules de la línia germinal. Interessantment, experiments d’immunoprecipitació de cromatina i seqüenciació massiva (ChIP-Seq) han desvetllat que RSR-2 co-precipita cromatina seguint un patró similar al de l’ARN polimerassa II. Aquests experiments de ChIP-Seq també han fet palès que RSR-2 és reclutada a la cromatina d’un mode que és independent de l’splicing i suggereixen que RSR-2 podria desenvolupar un rol de regulador transcripcional. Addicionalment, hem explorat els transcriptomes d’animals rsr-2(iARN) i prp-8(iARN) en estadi de larva 3 (L3), fet que ens ha permès classificar rsr-2 com a un factor d’splicing no essencial. Conjuntament, el nostre estudi mostra que RSR-2 és una proteina multifuncional que regula el desenvolupament de Caenorhabditis elegans influenciant, i probablement acoblant, els processos d’splicing i transcripció.</mods:abstract>
<mods:abstract>During the course of a large scale interference RNA (RNAi) screen in Caenorhabditis elegans, rsr-2 was identified as a genetic interactor of lin-35 Rb, the homolog of human Retinoblastoma. The rsr-2 gene encodes the ortholog of the human spliceosomal protein SRm300/SRRM2. In contrast to its yeast ortholog Cwc21, rsr-2 is essential for viability. Since strong inactivation of rsr-2 produces severe phenotypes, we took advantage of the mild effect of RNAi by feeding to study functions of rsr-2 during development. rsr-2 RNAi assays and genetic epistasis analysis locate rsr-2 within the germ line sex determination pathway but tiling arrays of rsr-2(RNAi) animals do not disclose significant splicing defects. By inmunofluorescence, we observe that an antibody specific for RSR-2 co-localizes with chromatin in germ line nuclei. Interestingly, ChIP-Seq experiments reveal that RSR-2 co-precipitates chromatin in a pattern similar to that of RNA Polymerase II. These ChIP-Seq assays also evidenced a splicing-independent recruitment of RSR-2 to chromatin and suggest that RSR-2 could have a role in regulating transcription. Moreover, we have explored the transcriptomes of rsr-2(RNAi) and prp-8(RNAi) L3 worms by RNA-Seq, which classified rsr-2 as a non-essential splicing factor. Altogether, our study shows that RSR-2 is a multifunctional protein that regulates development by influencing, and probably coupling, splicing and transcription.</mods:abstract>
<mods:language>
<mods:languageTerm>eng</mods:languageTerm>
</mods:language>
<mods:accessCondition type="useAndReproduction">ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.</mods:accessCondition>
<mods:accessCondition type="useAndReproduction">info:eu-repo/semantics/openAccess</mods:accessCondition>
<mods:subject>
<mods:topic>Caenorhabditis elegans</mods:topic>
</mods:subject>
<mods:subject>
<mods:topic>rsr-2</mods:topic>
</mods:subject>
<mods:subject>
<mods:topic>Splicing</mods:topic>
</mods:subject>
<mods:titleInfo>
<mods:title>A comprehensive functional study of Caenorhabditis elegans rsr-2 uncovers a new link between splicing and transcription</mods:title>
</mods:titleInfo>
<mods:genre>info:eu-repo/semantics/doctoralThesis</mods:genre>
<mods:genre>info:eu-repo/semantics/publishedVersion</mods:genre>
</mods:mods>
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>
<oaire:record schemaLocation="http://namespaceopenaire.eu/schema/oaire/">
<dc:title>A comprehensive functional study of Caenorhabditis elegans rsr-2 uncovers a new link between splicing and transcription</dc:title>
<datacite:creator>
<datacite:creatorName>Fontrodona Montals, Laura</datacite:creatorName>
</datacite:creator>
<datacite:contributor>lfontrodona@gmail.com</datacite:contributor>
<datacite:contributor>true</datacite:contributor>
<datacite:contributor>Cerón Madrigal, Julián</datacite:contributor>
<datacite:contributor>true</datacite:contributor>
<datacite:contributor>Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia</datacite:contributor>
<dc:subject>Caenorhabditis elegans</dc:subject>
<dc:subject>rsr-2</dc:subject>
<dc:subject>Splicing</dc:subject>
<dc:subject>Ciències Experimentals</dc:subject>
<dc:subject>575</dc:subject>
<dc:description>Durant el transcurs d’un rastreig a gran escala per RNA d’interferència (iARN) en Caenorhabditis elegans, el gen rsr-2 va ser identificat com a interactor genètic del gen lin-35 Retinoblastoma, l’homòleg de la família humana de Retinoblastoma. El gen rsr-2 és l’ortòleg de la proteina humana d’splicing SRm300/SRRM2. A diferència del seu ortòleg en llevat Cwc21, rsr-2 és essencial per la viabilitat. Degut a que la forta inactivació d’rsr-2 produeix uns fenotips molt severs, hem aprofitat l’efecte lleu que produeix l’ARN interferent a través de l’aliment per estudiar les funcions d’rsr-2 durant el desenvolupament. Els assatjos d’iARN d’rsr-2 juntament amb anàlisis d’epistàsia genètica situen rsr-2 en la via de la determinació sexual de la línia germinal. Tot i així, tiling arrays d’animals rsr-2(iARN) no han revelat defectes significatius en l’splicing. Gràcies a experiments d’immunofluorescència, hem observat que un anticòs específic per RSR-2 co-localitza amb cromatina en nuclis de cèl·lules de la línia germinal. Interessantment, experiments d’immunoprecipitació de cromatina i seqüenciació massiva (ChIP-Seq) han desvetllat que RSR-2 co-precipita cromatina seguint un patró similar al de l’ARN polimerassa II. Aquests experiments de ChIP-Seq també han fet palès que RSR-2 és reclutada a la cromatina d’un mode que és independent de l’splicing i suggereixen que RSR-2 podria desenvolupar un rol de regulador transcripcional. Addicionalment, hem explorat els transcriptomes d’animals rsr-2(iARN) i prp-8(iARN) en estadi de larva 3 (L3), fet que ens ha permès classificar rsr-2 com a un factor d’splicing no essencial. Conjuntament, el nostre estudi mostra que RSR-2 és una proteina multifuncional que regula el desenvolupament de Caenorhabditis elegans influenciant, i probablement acoblant, els processos d’splicing i transcripció.</dc:description>
<dc:description>During the course of a large scale interference RNA (RNAi) screen in Caenorhabditis elegans, rsr-2 was identified as a genetic interactor of lin-35 Rb, the homolog of human Retinoblastoma. The rsr-2 gene encodes the ortholog of the human spliceosomal protein SRm300/SRRM2. In contrast to its yeast ortholog Cwc21, rsr-2 is essential for viability. Since strong inactivation of rsr-2 produces severe phenotypes, we took advantage of the mild effect of RNAi by feeding to study functions of rsr-2 during development. rsr-2 RNAi assays and genetic epistasis analysis locate rsr-2 within the germ line sex determination pathway but tiling arrays of rsr-2(RNAi) animals do not disclose significant splicing defects. By inmunofluorescence, we observe that an antibody specific for RSR-2 co-localizes with chromatin in germ line nuclei. Interestingly, ChIP-Seq experiments reveal that RSR-2 co-precipitates chromatin in a pattern similar to that of RNA Polymerase II. These ChIP-Seq assays also evidenced a splicing-independent recruitment of RSR-2 to chromatin and suggest that RSR-2 could have a role in regulating transcription. Moreover, we have explored the transcriptomes of rsr-2(RNAi) and prp-8(RNAi) L3 worms by RNA-Seq, which classified rsr-2 as a non-essential splicing factor. Altogether, our study shows that RSR-2 is a multifunctional protein that regulates development by influencing, and probably coupling, splicing and transcription.</dc:description>
<dc:date>2013-07-11T07:20:22Z</dc:date>
<dc:date>2014-07-12T05:45:05Z</dc:date>
<dc:date>2012-07-13</dc:date>
<dc:type>info:eu-repo/semantics/doctoralThesis</dc:type>
<dc:type>info:eu-repo/semantics/publishedVersion</dc:type>
<datacite:alternateIdentifier>http://hdl.handle.net/10803/117661</datacite:alternateIdentifier>
<dc:language>eng</dc:language>
<dc:rights>ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.</dc:rights>
<dc:rights>info:eu-repo/semantics/openAccess</dc:rights>
<dc:format>182 p.</dc:format>
<dc:format>application/pdf</dc:format>
<dc:format>application/pdf</dc:format>
<dc:publisher>Universitat Autònoma de Barcelona</dc:publisher>
<dc:source>TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)</dc:source>
<oaire:file>https://www.tdx.cat/bitstream/10803/117661/1/lfm1de1.pdf</oaire:file>
</oaire:record>
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>
<atom:entry schemaLocation="http://www.w3.org/2005/Atom http://www.kbcafe.com/rss/atom.xsd.xml">
<atom:id>http://hdl.handle.net/10803/117661/ore.xml</atom:id>
<atom:published>2014-07-12T05:45:05Z</atom:published>
<atom:updated>2013-07-11T07:20:22Z</atom:updated>
<atom:source>
<atom:generator>TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)</atom:generator>
</atom:source>
<atom:title>A comprehensive functional study of Caenorhabditis elegans rsr-2 uncovers a new link between splicing and transcription</atom:title>
<atom:author>
<atom:name>Fontrodona Montals, Laura</atom:name>
</atom:author>
<oreatom:triples>
<rdf:Description about="http://hdl.handle.net/10803/117661/ore.xml#atom">
<dcterms:modified>2013-07-11T07:20:22Z</dcterms:modified>
</rdf:Description>
<rdf:Description about="https://www.tdx.cat/bitstream/10803/117661/1/lfm1de1.pdf">
<dcterms:description>ORIGINAL</dcterms:description>
</rdf:Description>
<rdf:Description about="https://www.tdx.cat/bitstream/10803/117661/2/lfm1de1.pdf.txt">
<dcterms:description>TEXT</dcterms:description>
</rdf:Description>
<rdf:Description about="https://www.tdx.cat/bitstream/10803/117661/3/lfm1de1.pdf.xml">
<dcterms:description>MEDIA_DOCUMENT</dcterms:description>
</rdf:Description>
</oreatom:triples>
</atom:entry>
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>
<qdc:qualifieddc schemaLocation="http://purl.org/dc/elements/1.1/ http://dublincore.org/schemas/xmls/qdc/2006/01/06/dc.xsd http://purl.org/dc/terms/ http://dublincore.org/schemas/xmls/qdc/2006/01/06/dcterms.xsd http://dspace.org/qualifieddc/ http://www.ukoln.ac.uk/metadata/dcmi/xmlschema/qualifieddc.xsd">
<dc:title>A comprehensive functional study of Caenorhabditis elegans rsr-2 uncovers a new link between splicing and transcription</dc:title>
<dc:creator>Fontrodona Montals, Laura</dc:creator>
<dc:contributor>Cerón Madrigal, Julián</dc:contributor>
<dc:subject>Caenorhabditis elegans</dc:subject>
<dc:subject>rsr-2</dc:subject>
<dc:subject>Splicing</dc:subject>
<dcterms:abstract>Durant el transcurs d’un rastreig a gran escala per RNA d’interferència (iARN) en Caenorhabditis elegans, el gen rsr-2 va ser identificat com a interactor genètic del gen lin-35 Retinoblastoma, l’homòleg de la família humana de Retinoblastoma. El gen rsr-2 és l’ortòleg de la proteina humana d’splicing SRm300/SRRM2. A diferència del seu ortòleg en llevat Cwc21, rsr-2 és essencial per la viabilitat. Degut a que la forta inactivació d’rsr-2 produeix uns fenotips molt severs, hem aprofitat l’efecte lleu que produeix l’ARN interferent a través de l’aliment per estudiar les funcions d’rsr-2 durant el desenvolupament. Els assatjos d’iARN d’rsr-2 juntament amb anàlisis d’epistàsia genètica situen rsr-2 en la via de la determinació sexual de la línia germinal. Tot i així, tiling arrays d’animals rsr-2(iARN) no han revelat defectes significatius en l’splicing. Gràcies a experiments d’immunofluorescència, hem observat que un anticòs específic per RSR-2 co-localitza amb cromatina en nuclis de cèl·lules de la línia germinal. Interessantment, experiments d’immunoprecipitació de cromatina i seqüenciació massiva (ChIP-Seq) han desvetllat que RSR-2 co-precipita cromatina seguint un patró similar al de l’ARN polimerassa II. Aquests experiments de ChIP-Seq també han fet palès que RSR-2 és reclutada a la cromatina d’un mode que és independent de l’splicing i suggereixen que RSR-2 podria desenvolupar un rol de regulador transcripcional. Addicionalment, hem explorat els transcriptomes d’animals rsr-2(iARN) i prp-8(iARN) en estadi de larva 3 (L3), fet que ens ha permès classificar rsr-2 com a un factor d’splicing no essencial. Conjuntament, el nostre estudi mostra que RSR-2 és una proteina multifuncional que regula el desenvolupament de Caenorhabditis elegans influenciant, i probablement acoblant, els processos d’splicing i transcripció.</dcterms:abstract>
<dcterms:abstract>During the course of a large scale interference RNA (RNAi) screen in Caenorhabditis elegans, rsr-2 was identified as a genetic interactor of lin-35 Rb, the homolog of human Retinoblastoma. The rsr-2 gene encodes the ortholog of the human spliceosomal protein SRm300/SRRM2. In contrast to its yeast ortholog Cwc21, rsr-2 is essential for viability. Since strong inactivation of rsr-2 produces severe phenotypes, we took advantage of the mild effect of RNAi by feeding to study functions of rsr-2 during development. rsr-2 RNAi assays and genetic epistasis analysis locate rsr-2 within the germ line sex determination pathway but tiling arrays of rsr-2(RNAi) animals do not disclose significant splicing defects. By inmunofluorescence, we observe that an antibody specific for RSR-2 co-localizes with chromatin in germ line nuclei. Interestingly, ChIP-Seq experiments reveal that RSR-2 co-precipitates chromatin in a pattern similar to that of RNA Polymerase II. These ChIP-Seq assays also evidenced a splicing-independent recruitment of RSR-2 to chromatin and suggest that RSR-2 could have a role in regulating transcription. Moreover, we have explored the transcriptomes of rsr-2(RNAi) and prp-8(RNAi) L3 worms by RNA-Seq, which classified rsr-2 as a non-essential splicing factor. Altogether, our study shows that RSR-2 is a multifunctional protein that regulates development by influencing, and probably coupling, splicing and transcription.</dcterms:abstract>
<dcterms:dateAccepted>2014-07-12T05:45:05Z</dcterms:dateAccepted>
<dcterms:available>2014-07-12T05:45:05Z</dcterms:available>
<dcterms:created>2014-07-12T05:45:05Z</dcterms:created>
<dcterms:issued>2012-07-13</dcterms:issued>
<dc:type>info:eu-repo/semantics/doctoralThesis</dc:type>
<dc:type>info:eu-repo/semantics/publishedVersion</dc:type>
<dc:identifier>http://hdl.handle.net/10803/117661</dc:identifier>
<dc:language>eng</dc:language>
<dc:rights>ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.</dc:rights>
<dc:rights>info:eu-repo/semantics/openAccess</dc:rights>
<dc:publisher>Universitat Autònoma de Barcelona</dc:publisher>
<dc:source>TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)</dc:source>
</qdc:qualifieddc>
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>
<rdf:RDF schemaLocation="http://www.openarchives.org/OAI/2.0/rdf/ http://www.openarchives.org/OAI/2.0/rdf.xsd">
<ow:Publication about="oai:www.tdx.cat:10803/117661">
<dc:title>A comprehensive functional study of Caenorhabditis elegans rsr-2 uncovers a new link between splicing and transcription</dc:title>
<dc:creator>Fontrodona Montals, Laura</dc:creator>
<dc:contributor>lfontrodona@gmail.com</dc:contributor>
<dc:contributor>true</dc:contributor>
<dc:contributor>Cerón Madrigal, Julián</dc:contributor>
<dc:contributor>true</dc:contributor>
<dc:subject>Caenorhabditis elegans</dc:subject>
<dc:subject>rsr-2</dc:subject>
<dc:subject>Splicing</dc:subject>
<dc:description>Durant el transcurs d’un rastreig a gran escala per RNA d’interferència (iARN) en Caenorhabditis elegans, el gen rsr-2 va ser identificat com a interactor genètic del gen lin-35 Retinoblastoma, l’homòleg de la família humana de Retinoblastoma. El gen rsr-2 és l’ortòleg de la proteina humana d’splicing SRm300/SRRM2. A diferència del seu ortòleg en llevat Cwc21, rsr-2 és essencial per la viabilitat. Degut a que la forta inactivació d’rsr-2 produeix uns fenotips molt severs, hem aprofitat l’efecte lleu que produeix l’ARN interferent a través de l’aliment per estudiar les funcions d’rsr-2 durant el desenvolupament. Els assatjos d’iARN d’rsr-2 juntament amb anàlisis d’epistàsia genètica situen rsr-2 en la via de la determinació sexual de la línia germinal. Tot i així, tiling arrays d’animals rsr-2(iARN) no han revelat defectes significatius en l’splicing. Gràcies a experiments d’immunofluorescència, hem observat que un anticòs específic per RSR-2 co-localitza amb cromatina en nuclis de cèl·lules de la línia germinal. Interessantment, experiments d’immunoprecipitació de cromatina i seqüenciació massiva (ChIP-Seq) han desvetllat que RSR-2 co-precipita cromatina seguint un patró similar al de l’ARN polimerassa II. Aquests experiments de ChIP-Seq també han fet palès que RSR-2 és reclutada a la cromatina d’un mode que és independent de l’splicing i suggereixen que RSR-2 podria desenvolupar un rol de regulador transcripcional. Addicionalment, hem explorat els transcriptomes d’animals rsr-2(iARN) i prp-8(iARN) en estadi de larva 3 (L3), fet que ens ha permès classificar rsr-2 com a un factor d’splicing no essencial. Conjuntament, el nostre estudi mostra que RSR-2 és una proteina multifuncional que regula el desenvolupament de Caenorhabditis elegans influenciant, i probablement acoblant, els processos d’splicing i transcripció.</dc:description>
<dc:description>During the course of a large scale interference RNA (RNAi) screen in Caenorhabditis elegans, rsr-2 was identified as a genetic interactor of lin-35 Rb, the homolog of human Retinoblastoma. The rsr-2 gene encodes the ortholog of the human spliceosomal protein SRm300/SRRM2. In contrast to its yeast ortholog Cwc21, rsr-2 is essential for viability. Since strong inactivation of rsr-2 produces severe phenotypes, we took advantage of the mild effect of RNAi by feeding to study functions of rsr-2 during development. rsr-2 RNAi assays and genetic epistasis analysis locate rsr-2 within the germ line sex determination pathway but tiling arrays of rsr-2(RNAi) animals do not disclose significant splicing defects. By inmunofluorescence, we observe that an antibody specific for RSR-2 co-localizes with chromatin in germ line nuclei. Interestingly, ChIP-Seq experiments reveal that RSR-2 co-precipitates chromatin in a pattern similar to that of RNA Polymerase II. These ChIP-Seq assays also evidenced a splicing-independent recruitment of RSR-2 to chromatin and suggest that RSR-2 could have a role in regulating transcription. Moreover, we have explored the transcriptomes of rsr-2(RNAi) and prp-8(RNAi) L3 worms by RNA-Seq, which classified rsr-2 as a non-essential splicing factor. Altogether, our study shows that RSR-2 is a multifunctional protein that regulates development by influencing, and probably coupling, splicing and transcription.</dc:description>
<dc:date>2013-07-11T07:20:22Z</dc:date>
<dc:date>2014-07-12T05:45:05Z</dc:date>
<dc:date>2012-07-13</dc:date>
<dc:type>info:eu-repo/semantics/doctoralThesis</dc:type>
<dc:type>info:eu-repo/semantics/publishedVersion</dc:type>
<dc:identifier>http://hdl.handle.net/10803/117661</dc:identifier>
<dc:language>eng</dc:language>
<dc:rights>ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.</dc:rights>
<dc:rights>info:eu-repo/semantics/openAccess</dc:rights>
<dc:publisher>Universitat Autònoma de Barcelona</dc:publisher>
<dc:source>TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)</dc:source>
</ow:Publication>
</rdf:RDF>
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>
<uketd_dc:uketddc schemaLocation="http://naca.central.cranfield.ac.uk/ethos-oai/2.0/ http://naca.central.cranfield.ac.uk/ethos-oai/2.0/uketd_dc.xsd">
<dc:title>A comprehensive functional study of Caenorhabditis elegans rsr-2 uncovers a new link between splicing and transcription</dc:title>
<dc:creator>Fontrodona Montals, Laura</dc:creator>
<dcterms:abstract>Durant el transcurs d’un rastreig a gran escala per RNA d’interferència (iARN) en Caenorhabditis elegans, el gen rsr-2 va ser identificat com a interactor genètic del gen lin-35 Retinoblastoma, l’homòleg de la família humana de Retinoblastoma. El gen rsr-2 és l’ortòleg de la proteina humana d’splicing SRm300/SRRM2. A diferència del seu ortòleg en llevat Cwc21, rsr-2 és essencial per la viabilitat. Degut a que la forta inactivació d’rsr-2 produeix uns fenotips molt severs, hem aprofitat l’efecte lleu que produeix l’ARN interferent a través de l’aliment per estudiar les funcions d’rsr-2 durant el desenvolupament. Els assatjos d’iARN d’rsr-2 juntament amb anàlisis d’epistàsia genètica situen rsr-2 en la via de la determinació sexual de la línia germinal. Tot i així, tiling arrays d’animals rsr-2(iARN) no han revelat defectes significatius en l’splicing. Gràcies a experiments d’immunofluorescència, hem observat que un anticòs específic per RSR-2 co-localitza amb cromatina en nuclis de cèl·lules de la línia germinal. Interessantment, experiments d’immunoprecipitació de cromatina i seqüenciació massiva (ChIP-Seq) han desvetllat que RSR-2 co-precipita cromatina seguint un patró similar al de l’ARN polimerassa II. Aquests experiments de ChIP-Seq també han fet palès que RSR-2 és reclutada a la cromatina d’un mode que és independent de l’splicing i suggereixen que RSR-2 podria desenvolupar un rol de regulador transcripcional. Addicionalment, hem explorat els transcriptomes d’animals rsr-2(iARN) i prp-8(iARN) en estadi de larva 3 (L3), fet que ens ha permès classificar rsr-2 com a un factor d’splicing no essencial. Conjuntament, el nostre estudi mostra que RSR-2 és una proteina multifuncional que regula el desenvolupament de Caenorhabditis elegans influenciant, i probablement acoblant, els processos d’splicing i transcripció.</dcterms:abstract>
<dcterms:abstract>During the course of a large scale interference RNA (RNAi) screen in Caenorhabditis elegans, rsr-2 was identified as a genetic interactor of lin-35 Rb, the homolog of human Retinoblastoma. The rsr-2 gene encodes the ortholog of the human spliceosomal protein SRm300/SRRM2. In contrast to its yeast ortholog Cwc21, rsr-2 is essential for viability. Since strong inactivation of rsr-2 produces severe phenotypes, we took advantage of the mild effect of RNAi by feeding to study functions of rsr-2 during development. rsr-2 RNAi assays and genetic epistasis analysis locate rsr-2 within the germ line sex determination pathway but tiling arrays of rsr-2(RNAi) animals do not disclose significant splicing defects. By inmunofluorescence, we observe that an antibody specific for RSR-2 co-localizes with chromatin in germ line nuclei. Interestingly, ChIP-Seq experiments reveal that RSR-2 co-precipitates chromatin in a pattern similar to that of RNA Polymerase II. These ChIP-Seq assays also evidenced a splicing-independent recruitment of RSR-2 to chromatin and suggest that RSR-2 could have a role in regulating transcription. Moreover, we have explored the transcriptomes of rsr-2(RNAi) and prp-8(RNAi) L3 worms by RNA-Seq, which classified rsr-2 as a non-essential splicing factor. Altogether, our study shows that RSR-2 is a multifunctional protein that regulates development by influencing, and probably coupling, splicing and transcription.</dcterms:abstract>
<uketdterms:institution>Universitat Autònoma de Barcelona</uketdterms:institution>
<dcterms:issued>2012-07-13</dcterms:issued>
<dc:type>info:eu-repo/semantics/doctoralThesis</dc:type>
<dc:type>info:eu-repo/semantics/publishedVersion</dc:type>
<dc:language type="dcterms:ISO639-2">eng</dc:language>
<dcterms:isReferencedBy>http://hdl.handle.net/10803/117661</dcterms:isReferencedBy>
<dc:identifier type="dcterms:URI">https://www.tdx.cat/bitstream/10803/117661/1/lfm1de1.pdf</dc:identifier>
<uketdterms:checksum type="uketdterms:MD5">54c6408b9c49836c437b3cd4e7082ba7</uketdterms:checksum>
<dcterms:hasFormat>https://www.tdx.cat/bitstream/10803/117661/2/lfm1de1.pdf.txt</dcterms:hasFormat>
<uketdterms:checksum type="uketdterms:MD5">032ab5600b705331ac56c1e57701edf7</uketdterms:checksum>
<uketdterms:embargodate>12 mesos</uketdterms:embargodate>
<dc:subject>Caenorhabditis elegans</dc:subject>
<dc:subject>rsr-2</dc:subject>
<dc:subject>Splicing</dc:subject>
<dc:subject>Ciències Experimentals</dc:subject>
</uketd_dc:uketddc>
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>
<metadata schemaLocation="http://www.lyncode.com/xoai http://www.lyncode.com/xsd/xoai.xsd">
<element name="dc">
<element name="contributor">
<element name="none">
<field name="value">Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia</field>
</element>
<element name="author">
<element name="none">
<field name="value">Fontrodona Montals, Laura</field>
</element>
</element>
<element name="authoremail">
<element name="cat">
<field name="value">lfontrodona@gmail.com</field>
</element>
</element>
<element name="authoremailshow">
<element name="cat">
<field name="value">true</field>
</element>
</element>
<element name="director">
<element name="none">
<field name="value">Cerón Madrigal, Julián</field>
</element>
</element>
<element name="authorsendemail">
<element name="cat">
<field name="value">true</field>
</element>
</element>
</element>
<element name="date">
<element name="accessioned">
<element name="none">
<field name="value">2013-07-11T07:20:22Z</field>
</element>
</element>
<element name="available">
<element name="none">
<field name="value">2014-07-12T05:45:05Z</field>
</element>
</element>
<element name="issued">
<element name="none">
<field name="value">2012-07-13</field>
</element>
</element>
</element>
<element name="identifier">
<element name="uri">
<element name="none">
<field name="value">http://hdl.handle.net/10803/117661</field>
</element>
</element>
</element>
<element name="description">
<element name="abstract">
<element name="cat">
<field name="value">Durant el transcurs d’un rastreig a gran escala per RNA d’interferència (iARN) en Caenorhabditis elegans, el gen rsr-2 va ser identificat com a interactor genètic del gen lin-35 Retinoblastoma, l’homòleg de la família humana de Retinoblastoma. El gen rsr-2 és l’ortòleg de la proteina humana d’splicing SRm300/SRRM2. A diferència del seu ortòleg en llevat Cwc21, rsr-2 és essencial per la viabilitat. Degut a que la forta inactivació d’rsr-2 produeix uns fenotips molt severs, hem aprofitat l’efecte lleu que produeix l’ARN interferent a través de l’aliment per estudiar les funcions d’rsr-2 durant el desenvolupament. Els assatjos d’iARN d’rsr-2 juntament amb anàlisis d’epistàsia genètica situen rsr-2 en la via de la determinació sexual de la línia germinal. Tot i així, tiling arrays d’animals rsr-2(iARN) no han revelat defectes significatius en l’splicing. Gràcies a experiments d’immunofluorescència, hem observat que un anticòs específic per RSR-2 co-localitza amb cromatina en nuclis de cèl·lules de la línia germinal. Interessantment, experiments d’immunoprecipitació de cromatina i seqüenciació massiva (ChIP-Seq) han desvetllat que RSR-2 co-precipita cromatina seguint un patró similar al de l’ARN polimerassa II. Aquests experiments de ChIP-Seq també han fet palès que RSR-2 és reclutada a la cromatina d’un mode que és independent de l’splicing i suggereixen que RSR-2 podria desenvolupar un rol de regulador transcripcional. Addicionalment, hem explorat els transcriptomes d’animals rsr-2(iARN) i prp-8(iARN) en estadi de larva 3 (L3), fet que ens ha permès classificar rsr-2 com a un factor d’splicing no essencial. Conjuntament, el nostre estudi mostra que RSR-2 és una proteina multifuncional que regula el desenvolupament de Caenorhabditis elegans influenciant, i probablement acoblant, els processos d’splicing i transcripció.</field>
</element>
<element name="eng">
<field name="value">During the course of a large scale interference RNA (RNAi) screen in Caenorhabditis elegans, rsr-2 was identified as a genetic interactor of lin-35 Rb, the homolog of human Retinoblastoma. The rsr-2 gene encodes the ortholog of the human spliceosomal protein SRm300/SRRM2. In contrast to its yeast ortholog Cwc21, rsr-2 is essential for viability. Since strong inactivation of rsr-2 produces severe phenotypes, we took advantage of the mild effect of RNAi by feeding to study functions of rsr-2 during development. rsr-2 RNAi assays and genetic epistasis analysis locate rsr-2 within the germ line sex determination pathway but tiling arrays of rsr-2(RNAi) animals do not disclose significant splicing defects. By inmunofluorescence, we observe that an antibody specific for RSR-2 co-localizes with chromatin in germ line nuclei. Interestingly, ChIP-Seq experiments reveal that RSR-2 co-precipitates chromatin in a pattern similar to that of RNA Polymerase II. These ChIP-Seq assays also evidenced a splicing-independent recruitment of RSR-2 to chromatin and suggest that RSR-2 could have a role in regulating transcription. Moreover, we have explored the transcriptomes of rsr-2(RNAi) and prp-8(RNAi) L3 worms by RNA-Seq, which classified rsr-2 as a non-essential splicing factor. Altogether, our study shows that RSR-2 is a multifunctional protein that regulates development by influencing, and probably coupling, splicing and transcription.</field>
</element>
</element>
</element>
<element name="format">
<element name="extent">
<element name="cat">
<field name="value">182 p.</field>
</element>
</element>
<element name="mimetype">
<element name="none">
<field name="value">application/pdf</field>
</element>
</element>
</element>
<element name="language">
<element name="iso">
<element name="cat">
<field name="value">eng</field>
</element>
</element>
</element>
<element name="publisher">
<element name="none">
<field name="value">Universitat Autònoma de Barcelona</field>
</element>
</element>
<element name="rights">
<element name="license">
<element name="none">
<field name="value">ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.</field>
</element>
</element>
<element name="accessLevel">
<element name="none">
<field name="value">info:eu-repo/semantics/openAccess</field>
</element>
</element>
</element>
<element name="source">
<element name="none">
<field name="value">TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)</field>
</element>
</element>
<element name="subject">
<element name="cat">
<field name="value">Caenorhabditis elegans</field>
<field name="value">rsr-2</field>
<field name="value">Splicing</field>
</element>
<element name="other">
<element name="cat">
<field name="value">Ciències Experimentals</field>
</element>
</element>
<element name="udc">
<element name="cat">
<field name="value">575</field>
</element>
</element>
</element>
<element name="title">
<element name="cat">
<field name="value">A comprehensive functional study of Caenorhabditis elegans rsr-2 uncovers a new link between splicing and transcription</field>
</element>
</element>
<element name="type">
<element name="none">
<field name="value">info:eu-repo/semantics/doctoralThesis</field>
<field name="value">info:eu-repo/semantics/publishedVersion</field>
</element>
</element>
<element name="embargo">
<element name="terms">
<element name="cat">
<field name="value">12 mesos</field>
</element>
</element>
</element>
</element>
<element name="bundles">
<element name="bundle">
<field name="name">ORIGINAL</field>
<element name="bitstreams">
<element name="bitstream">
<field name="name">lfm1de1.pdf</field>
<field name="originalName">lfm1de1.pdf</field>
<field name="format">application/pdf</field>
<field name="size">5413043</field>
<field name="url">https://www.tdx.cat/bitstream/10803/117661/1/lfm1de1.pdf</field>
<field name="checksum">54c6408b9c49836c437b3cd4e7082ba7</field>
<field name="checksumAlgorithm">MD5</field>
<field name="sid">1</field>
<field name="drm">open access</field>
</element>
</element>
</element>
<element name="bundle">
<field name="name">TEXT</field>
<element name="bitstreams">
<element name="bitstream">
<field name="name">lfm1de1.pdf.txt</field>
<field name="originalName">lfm1de1.pdf.txt</field>
<field name="description">Extracted Text</field>
<field name="format">text/plain</field>
<field name="size">473301</field>
<field name="url">https://www.tdx.cat/bitstream/10803/117661/2/lfm1de1.pdf.txt</field>
<field name="checksum">032ab5600b705331ac56c1e57701edf7</field>
<field name="checksumAlgorithm">MD5</field>
<field name="sid">2</field>
<field name="drm">open access</field>
</element>
</element>
</element>
<element name="bundle">
<field name="name">MEDIA_DOCUMENT</field>
<element name="bitstreams">
<element name="bitstream">
<field name="name">lfm1de1.pdf.xml</field>
<field name="originalName">lfm1de1.pdf.xml</field>
<field name="description">Document Consulta</field>
<field name="format">text/xml</field>
<field name="size">105</field>
<field name="url">https://www.tdx.cat/bitstream/10803/117661/3/lfm1de1.pdf.xml</field>
<field name="checksum">7925ab56e6235f7944d744740d80eacc</field>
<field name="checksumAlgorithm">MD5</field>
<field name="sid">3</field>
<field name="drm">open access</field>
</element>
</element>
</element>
</element>
<element name="others">
<field name="handle">10803/117661</field>
<field name="identifier">oai:www.tdx.cat:10803/117661</field>
<field name="lastModifyDate">2017-09-01 00:44:10.954</field>
<field name="drm">open access</field>
</element>
<element name="repository">
<field name="name">TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)</field>
<field name="mail">pir@csuc.cat</field>
</element>
</metadata>